在农业用地上建厂房，一般情况下属于违建行为，但特定条件下经过法定程序审批后，可以合法建设。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况下属于违建
法律依据：
- 根据《土地管理法》及相关法律法规，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，对耕地实行特殊保护。农业用地，特别是耕地，主要用于农业生产，未经批准不得擅自改变其用途。
违规后果：
- 未经依法批准，擅自在农业用地上建设厂房，违反了土地用途管制制度。这种违法行为通常会导致以下后果：
- 被相关部门认定为违法建筑；
- 面临限期拆除、恢复土地原状的处罚；
- 可能被处以罚款等行政处罚。
二、特殊情况下的合法性
农用地转用审批：
- 若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将农业用地合法转变为建设用地，则在此土地上建设厂房不属于违建。
特殊项目需求：
- 因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，经有批准权的人民政府批准后，可以将农业用地转为建设用地用于建设相关的厂房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
农村地区特殊情况：
- 在农村地区，如果建设的是农村村民住宅、乡镇企业、乡村公共设施和公益事业等，且经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地，并按照相关规定办理审批手续后，也可以在符合要求的土地上建设相关建筑。但需注意，这并不意味着可以随意在农业用地上建厂房，仍需严格遵守土地利用总体规划和相关审批程序。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：
- 在决定是否在农业用地上建设厂房前，务必咨询当地的自然资源部门或相关规划部门，了解具体的政策和审批要求。这有助于避免因违法建设而带来不必要的损失。
遵守法律法规：
- 严格遵守土地管理法律法规和城乡规划法律法规，不擅自改变土地用途，确保建设行为的合法性。这是保障自身权益和项目顺利进行的基础。
风险防范：
- 对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。例如，可以了解当地对于农业用地转用的具体政策和流程，以及可能面临的处罚和补救措施等。
总结来说，在农业用地上建厂房的合法性取决于是否经过法定程序的审批和是否符合土地利用总体规划。未经批准擅自建设将面临严重的法律后果，因此建议建设单位或个人在决策前充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法合规性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。