结论前置：公司扣绩效工资，若该行为侵害了劳动者的合法权益，劳动者有权申请劳动仲裁来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、可以申请劳动仲裁的情形
公司无故扣减绩效工资
- 具体情形：公司未明确绩效考核标准，或未按约定标准进行考核，即随意扣减员工绩效工资。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效工资作为工资的重要组成部分，同样受到保护。若公司无故扣减，则违反了此规定，侵害了劳动者的权利。
绩效考核标准不合理或不公正
- 具体情形：公司制定的绩效考核标准过高、不合理，或未经过民主程序制定且未公示告知劳动者，导致员工难以达到要求而被扣减绩效工资。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，涉及劳动者切身利益的规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定。未经法定程序的绩效考核标准可能无效，公司据此扣减绩效工资缺乏依据。
公司扣减绩效工资作为变相辞退手段
- 具体情形：公司通过过度扣减绩效工资迫使员工自行离职，以规避法定的辞退补偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位违法解除劳动合同的，需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。若公司扣减绩效工资构成违法解除劳动合同，劳动者有权要求赔偿。
二、申请劳动仲裁的条件与流程
申请条件：
- 公司扣发绩效工资的行为缺乏合理依据或未按照规章制度规定的程序进行。
- 扣发的绩效工资数额过高，明显不合理，损害了劳动者的合法权益。
准备证据：
- 劳动合同：证明劳动关系及双方对工资待遇的约定。
- 绩效工资相关证据：如绩效工资的计算方式、考核标准、工资条、与绩效工资相关的沟通记录等。
- 工作成果相关证据：如完成的项目报告、业绩数据等，用以证明自己达到了相应的绩效标准。
申请流程：
- 劳动者需向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。
- 按照要求提供相关证据材料，并等待仲裁委员会受理。
- 仲裁委员会将按照法定程序进行审理，并作出裁决。
确定仲裁请求：
- 劳动者可以根据实际情况提出要求用人单位足额支付绩效工资、支付因扣绩效工资产生的经济补偿金等仲裁请求。
仲裁时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受这一时效期间的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
三、不可以申请劳动仲裁或申请仲裁可能不会得到支持的情况
员工绩效确实不达标
- 具体情形：公司有明确、合理的绩效考核标准，且员工在考核周期内确实未达到该标准。
- 分析：在此情况下，公司按照规章制度扣减绩效工资是合法的，劳动者申请仲裁可能不会得到支持。
员工违反公司规章制度导致绩效受影响
- 具体情形：员工因违反公司规章制度（如迟到、早退、旷工等）导致绩效评估结果不佳，公司据此扣减绩效工资。
- 分析：若公司规章制度明确规定了此类情形下的绩效扣减措施，且该制度经过民主程序制定并公示告知劳动者，则公司扣减绩效工资是合法的。
行动建议：在申请劳动仲裁前，建议劳动者先与公司进行协商，尝试通过和解方式解决争议。若协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，劳动者应充分准备证据材料，明确仲裁请求，并在规定的时效期间内提出申请，以有效维护自身的合法权益。
总结：公司扣绩效工资时，劳动者是否有权申请劳动仲裁取决于具体情况。若公司行为侵害了劳动者的合法权益，劳动者完全有权依据相关法律法规申请劳动仲裁。在申请过程中，劳动者应充分准备证据材料，明确仲裁请求，并在规定的时效期间内提出申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。