自动离职工龄不清零一般合法，但需分情况讨论，具体如下：

1. 自动离职不影响已工作年限的合法性
   根据《劳动合同法》及相关规定，工龄（即连续工作时间）是劳动者与用人单位建立劳动关系的客观记录，其计算以实际提供劳动的时间为准。自动离职仅代表劳动者单方解除劳动关系的行为，并不改变此前已实际工作的年限。例如，劳动者在某单位工作5年后自动离职，其工龄仍应认定为5年，用人单位不得以“自动离职”为由擅自清零。

2. 特殊情形下工龄可能“中断”而非“清零”
   若劳动者自动离职后重新入职同一单位，或入职新单位时未依法转移社保、档案等材料，可能导致新单位无法连续计算工龄。但这种情况属于计算规则问题，而非原单位“清零”工龄的合法操作。例如，劳动者从A单位自动离职后，未办理社保转移手续，B单位可能无法直接连续计算其在A单位的工龄，但A单位仍需保留其工作年限的原始记录。

3. 用人单位不得通过规章制度违法清零工龄
   若用人单位在规章制度中规定“自动离职者工龄清零”，该条款因违反《劳动合同法》中“用人单位不得排除劳动者权利”的规定而无效。劳动者有权要求用人单位出具真实的工作年限证明，或通过劳动仲裁、诉讼确认工龄。

建议：

• 若您遇到用人单位以“自动离职”为由拒绝承认工龄，可要求其提供书面依据，并核对社保缴纳记录、工资发放记录等证据；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张权益。
  

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