关于自动离职后工资的结算问题，这是一个涉及劳动者和用人单位双方权益的重要事项，需要依据《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规来进行详细解析。
一、工资计算与结算的基本原则
按实际工作天数计算：
- 工资应当根据员工实际出勤的天数来计算。通常，我们会将月工资除以月计薪天数（一般为21.75天）来得出日工资，然后再乘以员工实际出勤的天数。对于计件工资的员工，则根据其实际完成的工作量和计件单价来计算。
包括各项应得收入：
- 工资计算应全面涵盖基本工资、绩效工资（如果适用）、加班工资、奖金、津贴等各项应得收入。用人单位不得随意降低工资计算标准或克扣这些收入。
结算时间：
- 用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。即使员工是自动离职，用人单位也应在完成工作交接或确定实际工作情况后及时结算工资。如果此前约定的发薪日前决定离职，可能需依据劳动合同或公司规章制度执行，但不得违反法律关于一次性付清的规定。
二、特殊情况下的工资处理与扣除项目
未办理离职手续：
- 员工自动离职虽属擅自离岗，但用人单位仍应按法律规定结算工资。用人单位可以要求员工回来办理离职手续，完成工作交接。如果员工拒绝，用人单位应书面通知相关后果并保留证据。
经济损失赔偿：
- 如果员工自动离职给用人单位造成了直接经济损失，如未完成工作导致的额外费用、损坏公司财物等，用人单位有权要求赔偿。但赔偿金额需有充分证据支持，且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
其他合法扣除项目：
- 如果员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可以依据相关规定进行相应扣除，但必须确保合法合规，并保留好相关证据。
三、法律保障与注意事项
遵守法律法规：
- 用人单位在结算自动离职员工工资时，必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
员工权益维护：
- 员工在离职前应尽可能提交书面辞职申请并办理离职手续，以便公司顺利进行工资结算和社保账户转移。如果员工认为工资结算存在不合理之处，可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径来维护自身权益。
总结：
自动离职后的工资结算是一个需要谨慎处理的问题。用人单位应确保按照实际工作天数、加班情况及合同约定来计算工资，并在解除或终止劳动合同时一次性付清。同时，对于特殊情况下的工资处理与扣除项目，用人单位也应遵循相关法律法规，确保合法合规。员工在离职前也应了解自己的权益，确保工资结算的公正性和合理性。