代发工资超过5000元本身并不直接产生法律后果，但可能涉及税务申报、个人所得税缴纳以及可能的法律风险，具体取决于代发工资的性质、来源及税务处理方式。以下从不同角度详细分析：

1. 税务申报与缴纳：

   • 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。当代发工资超过5000元时，超出部分需按照相应的税率缴纳个人所得税。如果代发工资方（如企业或第三方机构）未依法进行税务申报和缴纳，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
   • 税务合规：代发工资方应确保税务申报的准确性和及时性，避免因税务违规而引发的法律风险。这包括正确计算应纳税所得额、适用税率及速算扣除数，并按时缴纳税款。

2. 法律风险：

   • 非法代发：如果代发工资的行为本身涉及非法活动，如洗钱、逃税等，那么代发工资方及接收方都可能面临严重的法律后果，包括刑事处罚。
   • 合同纠纷：如果代发工资是基于某种合同关系（如劳务派遣、委托代发等），那么双方应明确合同条款，包括工资标准、支付方式、税务处理等。若合同条款不明确或存在争议，可能引发合同纠纷，导致法律诉讼。

3. 实际操作建议：

   • 明确合同条款：在代发工资的情况下，双方应签订书面合同，明确工资标准、支付方式、税务处理等关键条款，以避免后续争议。
   • 依法纳税：代发工资方应依法进行税务申报和缴纳，确保税务合规。接收方也应关注自己的税务情况，确保个人所得税的准确缴纳。
   • 保留证据：双方应保留与代发工资相关的所有证据，如合同、支付记录、税务申报表等，以备不时之需。

举例说明： 假设某企业委托第三方机构代发员工工资，每月代发金额超过5000元。在这种情况下，第三方机构作为代发工资方，应依法进行税务申报和缴纳个人所得税。如果第三方机构未依法纳税，税务机关可能对其处以罚款、滞纳金等处罚。同时，如果代发工资的行为涉及非法活动，如逃税或洗钱，那么相关方还可能面临刑事处罚。

总结与建议： 代发工资超过5000元本身并不直接产生法律后果，但可能涉及税务申报、个人所得税缴纳以及可能的法律风险。因此，建议代发工资方及接收方都应关注税务合规问题，明确合同条款，并保留相关证据以备不时之需。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。