使用权转让协议的合法性取决于多个因素，包括合同主体、意思表示、内容合法性和形式要求等，具体分析如下：
一、合法情形
主体适格且意思表示真实：
- 双方当事人必须具有相应的民事行为能力，如自然人需年满18周岁且精神正常，法人需具备合法的经营资格和缔约能力。
- 合同签订必须基于双方真实自愿的意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。例如，在房屋使用权转让中，若转让方故意隐瞒房屋即将拆迁的信息，导致受让方在不知情的情况下签订合同，则该合同可能因意思表示不真实而无效。
内容合法合规：
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。例如，转让的使用权必须是合法取得的，且合同中约定的权利义务需符合法律规定。在土地使用权转让中，若转让的是非法占用的土地使用权，则该转让协议无效。
形式符合要求：
- 如果法律规定该类合同需要采用书面形式或其他特定形式，那么合同应满足相应形式要求。例如，房屋租赁合同期限超过6个月的，应当采用书面形式，否则可能影响合同的效力。
取得相关权利人同意：
- 在涉及租赁关系的使用权转让中，若租赁合同明确约定承租人可以转让房屋使用权，并且承租人按照合同约定的条件和方式进行转让，则该转让行为合法。
- 即使租赁合同未明确规定转让事宜，但承租人在转让前获得了房屋产权人（出租人）的书面同意，转让同样合法有效。例如，在店铺使用权转让中，若转让方是承租人，则必须事先获得出租人的同意才能进行转租。
二、不合法情形
违反合同约定：
- 当租赁合同明确禁止转让房屋使用权时，承租人擅自进行转让，该转让行为不合法，出租人有权追究承租人的违约责任。
未经产权人同意：
- 在未获得房屋产权人（出租人）同意的情况下，承租人私自转让房屋使用权，该转让行为无效，出租人有权解除租赁合同并要求承租人及受让人搬离房屋。
法律法规禁止转让：
- 对于某些特殊性质的房屋或土地使用权，如保障性住房中的廉租房、非法占用的土地等，法律法规明确禁止其使用权转让。若承租人或使用人违反规定进行转让，转让行为无效，还可能面临收回房屋、罚款等处罚。
转租期限超过剩余租赁期限：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，转租期限不得超过承租人剩余的租赁期限。超出部分的约定对出租人不具有法律约束力。例如，若承租人的租赁合同还剩1年到期，但其将店铺使用权转租给受让人2年，则超出1年的部分无效。
三、特殊注意事项
核实使用权来源：
- 在签订使用权转让协议前，务必核实转让方是否拥有合法的使用权。例如，在房屋使用权转让中，应查看转让方的房产证或租赁合同等文件，确认其是否有权进行转让。
了解相关法律法规：
- 不同地区可能对使用权转让有不同的规定和限制。在签订协议前，应了解当地的相关法律法规和政策要求，确保转让行为的合法性。
明确合同条款：
- 在签订协议时，应明确双方的权利义务、转让期限、转让费用等关键条款。避免使用模糊或歧义的表述，以免引发纠纷。
办理相关手续：
- 根据当地管理部门的要求，可能需要办理相关备案或审批手续。在签订协议后，应及时办理这些手续以确保转让行为的合法性和有效性。
总结来说，使用权转让协议的合法性取决于多个因素。在签订协议前，务必核实转让方的使用权来源、了解相关法律法规和政策要求、明确合同条款并办理相关手续。若您在使用权转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。