停机后扣费是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于服务合同中的约定以及扣费的具体原因。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果服务合同中明确约定了停机后仍会扣取一定费用（如停机保号费、套餐基础费等），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣费行为是合法的。因为合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容合法，双方就应按照合同约定履行各自的义务。
- 如果服务合同中没有明确约定停机后仍会扣费，或者约定不明确，那么运营商或服务提供商在停机后继续扣费可能构成违约行为，用户有权要求其停止扣费并退还已扣费用。
扣费原因角度：
- 如果扣费是因为用户欠费导致的停机，且运营商或服务提供商在停机前已经通过合理方式通知了用户欠费情况，并在停机后按照合同约定扣取了欠费及可能的滞纳金，那么这种扣费行为是合法的。因为用户有义务按时支付服务费用，欠费后运营商或服务提供商有权采取停机等措施，并扣取相应费用。
- 如果扣费并非因为用户欠费，而是由于运营商或服务提供商的错误或系统故障导致的，那么这种扣费行为是不合法的。用户有权要求运营商或服务提供商立即停止扣费，并退还已扣费用，同时可能还有权要求赔偿因此造成的损失。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规，运营商或服务提供商在提供服务时应当遵循公平、合法和诚实信用的原则，不得设定不公平、不合理的交易条件，不得强制交易。如果停机后扣费行为违反了这些原则或规定，那么该行为是不合法的。
建议：
- 如果用户发现停机后被扣费，首先应查看服务合同中的相关约定，了解扣费的具体原因和依据。
- 如果认为扣费行为不合法或存在争议，可以与运营商或服务提供商进行沟通协商，要求其提供扣费明细和依据，并尝试解决问题。
- 如果沟通协商无果，用户可以向相关消费者权益保护机构投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，用户应保留好相关证据（如服务合同、扣费记录、沟通记录等），以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。