关于健康证不合格是否会通知用人单位的问题，这主要取决于具体的体检流程和规定，以及健康证办理的相关法律法规。

首先，从法律层面来看，对于一些特殊岗位，如食品生产经营、公共场所服务等，法律明确规定需要办理健康证明，并对一些有碍特定工作（如食品安全）的疾病做了限制性规定。这意味着，如果劳动者在这些岗位上工作，必须持有有效的健康证明。如果健康证不合格，即表明劳动者可能患有某些影响工作的疾病，此时，体检机构或相关部门在发现健康证不合格的情况下，通常会根据规定通知用人单位或劳动者本人，以确保用人单位能够及时了解并采取相应措施。

其次，从实务操作角度来看，用人单位在招聘劳动者时，往往会要求劳动者提供健康证明作为入职条件之一。如果劳动者自行体检，用人单位应当要求其提交完整的体检报告，并对体检医院的资质作出明确限定。在劳动者入职后，如果用人单位发现劳动者的健康证不合格或存在疑问，也有权要求劳动者重新体检或提供进一步的医疗证明。在这个过程中，如果体检机构或医院发现健康证不合格，他们通常会与用人单位或劳动者进行沟通，以确认情况并采取必要的后续行动。

此外，还需要注意的是，如果劳动者通过非法途径取得健康证，如伪造、变造或买卖健康证，这不仅会导致健康证无效，还可能使劳动者和用人单位面临法律处罚。在这种情况下，相关部门在查处非法健康证时，也会通知用人单位，以便用人单位能够及时了解情况并采取措施。

综上所述，虽然具体的通知流程可能因地区和体检机构的不同而有所差异，但一般来说，如果健康证不合格，体检机构或相关部门会通知用人单位或劳动者本人。因此，用人单位在招聘和用工过程中，应当严格遵守相关法律法规，要求劳动者提供有效的健康证明，并在必要时与体检机构或医院进行沟通，以确保劳动者的健康状况符合岗位要求。