在非法捕捞案件中，不起诉的决定需严格依法进行，并综合考虑多方面因素。具体来说，不起诉的情形主要可以分为法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉三种，以下是详细分析：

1. 法定不起诉

   • 情节显著轻微、危害不大：若非法捕捞行为的价值或金额不足五千元（内陆水域）或二万元（海洋水域，且需达到二千公斤以上），且未达到刑法规定的其他严重情节，可能被视为情节显著轻微、危害不大，不构成犯罪，从而不起诉。但需注意，若使用了禁用的工具或方法，或在禁渔区、禁渔期内捕捞，则可能不受此金额限制。
   • 犯罪已过追诉时效期限：非法捕捞水产品罪的法定最高刑为三年以下有期徒刑，因此，若犯罪行为发生超过五年，一般不再追诉。
   • 经特赦令免除刑罚：若非法捕捞犯罪分子符合国家发布的特赦条件，经特赦令免除刑罚，检察院应作出不起诉决定。
   • 犯罪嫌疑人、被告人死亡：一旦犯罪嫌疑人或被告人死亡，刑事诉讼程序无法继续进行，检察院应当作出不起诉决定。
   • 其他法律规定免予追究刑事责任的：如存在其他法律明确规定的免予追究刑事责任的情形，也适用法定不起诉。

2. 酌定不起诉

   • 犯罪情节轻微：综合考虑捕捞数量、方式、对渔业资源的损害程度及悔罪表现等因素，认为犯罪情节轻微的，可以酌定不起诉。例如，初次非法捕捞、捕捞数量较少且案发后积极配合调查、主动恢复渔业资源等。
   • 具有从轻、减轻或免除处罚情节：如犯罪嫌疑人具有自首、立功、犯罪中止、犯罪未遂、从犯、胁从犯等法定情节，检察院可根据具体情况作出酌定不起诉决定。

3. 存疑不起诉

   • 证据不足：若经过补充侦查，案件仍然证据不足，不符合起诉条件的，检察院可以作出不起诉决定。这包括证明犯罪构成要件的证据缺失，或证据之间存在矛盾且无法合理排除等情况。

综合考量因素与建议：

在决定是否对非法捕捞案件提起公诉时，检察机关还会综合考虑犯罪嫌疑人的主观故意、是否存在自首、立功等情节，以及案件的社会影响等因素。因此，若您或您身边的人涉及非法捕捞案件，我建议：

• 积极配合调查：如实陈述事实，提供相关证据，展现悔罪态度。
• 主动恢复渔业资源：如可能，积极采取措施恢复被破坏的渔业资源，以减轻犯罪后果。
• 寻求法律帮助：及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，以便更好地应对诉讼程序。

总之，非法捕捞案件的不起诉决定需严格依法进行，并综合考虑多方面因素。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。