公司要求停薪留职的合法性需根据具体情况来判断，但总体而言，这一做法在现代劳动法律体系下通常是不合法的，除非有特别约定且符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情况分析
双方协商一致：
- 如果公司与员工进行了充分沟通，并就停薪留职的相关事项（如期限、社保公积金缴纳、双方权利义务等）达成一致意见，签订了书面协议，这种安排可能被视为合法。但关键在于必须是双方自愿、平等和公平的基础上达成，且不得违反法律法规的强制性规定。
符合内部规章制度：
- 若公司有完善且合理的规章制度，明确规定了停薪留职的具体条件和程序，并且该制度已经过民主程序制定并向员工公示，同时不违反现行法律法规，那么公司依据规章制度要求员工停薪留职可能具有一定的合法性基础。但这种情况较为罕见，且需严格满足上述条件。
不合法情况分析
未经协商强制要求：
- 公司单方面强制要求员工停薪留职，未与员工进行任何协商或沟通，这是明显不合法的。这种行为侵害了员工获得劳动报酬的权利和继续履行劳动合同的权益。
规避法律责任：
- 公司以停薪留职为名，实际上是为了裁员或逃避支付经济补偿等法律责任，这也是不合法的。这种行为违反了劳动法律法规的基本原则和精神。
影响员工基本权益：
- 停薪留职期间，如果公司不按照法律规定为员工缴纳社保公积金等，导致员工的社会保险、住房公积金权益受损，这种停薪留职安排同样是违法的。因为为员工缴纳社保公积金是用人单位的法定义务。
违反现行法律规定：
- 《劳动法》及相关法规中并未明确规定停薪留职的制度，且相关过时文件（如《劳动人事部、国家经济委员会关于企业职工要求“停薪留职”问题的通知》）已不再适用。因此，除非有特别约定或符合特定条件，否则公司要求员工停薪留职将缺乏法律依据。
员工应对措施
如果员工认为公司要求停薪留职的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行友好协商，要求公司纠正错误做法，并明确自己的权益和诉求。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对公司进行监督检查，并责令其改正违法行为。
申请劳动仲裁：
- 在必要时，员工可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构将会对双方的争议进行公正裁决，并作出具有法律效力的仲裁裁决书。
寻求法律援助：
- 如果员工在维权过程中遇到困难或需要帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和支持。
总结来说，公司要求员工停薪留职的合法性需根据具体情况来判断。但在现代劳动法律体系下，这一做法通常是不被支持的。员工在面对此类要求时，应了解自己的权益和法律规定，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。