关于单位或公司对迟到员工进行罚款的合法性，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合判断。
一、一般原则：单位无直接罚款权
首先，从法律层面来看，自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，国家层面的法律并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。罚款作为一种行政处罚措施，根据《行政处罚法》的规定，只有法律、法规明确授权的行政机关或其他特定组织才有权实施。因此，企业作为普通的民事主体，并不具备直接的罚款权力。
二、特殊情形下的合法性探讨
尽管一般原则下单位无罚款权，但在某些特定情形下，单位采取的经济措施可能被认定为合法：
与绩效工资关联：如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定，迟到会影响员工的绩效考核，进而影响绩效工资的发放，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法通常被认定为合法。因为绩效工资与员工的工作表现直接相关，用人单位有权根据员工的表现进行考核和调整。
因迟到造成经济损失的赔偿：如果员工迟到行为直接给用人单位造成了经济损失，并且双方劳动合同中有相关赔偿约定，那么用人单位可以要求员工按照约定进行赔偿。但需要注意的是，赔偿金额必须合理，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，这是根据《工资支付暂行规定》来执行的。
三、员工权益保护与争议解决
如果劳动者认为单位的罚款行为不合法，首先应尝试与单位进行协商解决。如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，员工也有权了解并熟悉公司的规章制度和劳动合同中的相关条款，以便在面临问题时能够做出合理的判断和应对。
四、对公司的建议
对于公司而言，在制定和执行相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并充分保障员工的合法权益。规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工对其内容有充分的了解。同时，公司在处理员工迟到等违纪行为时，应遵循合理、公正的原则，避免采取过于严厉或不合理的罚款措施。
综上所述，单位对迟到员工进行罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。在合法合规且合理的前提下，公司对迟到员工进行一定形式的经济惩处是可能被认定为合法的。但无论如何，保障员工的合法权益始终是公司应遵循的基本原则。