工程款以发工资的方式支付是否构成偷税，需根据具体情况及法律法规进行综合判断，结论如下：
若符合真实劳务关系且依法履行税务义务，则不构成偷税
- 真实劳务关系：如果工程项目中确实存在劳动用工，企业按照正常工资发放流程和规定，将工程款作为劳务报酬支付给工人，并依法履行个人所得税代扣代缴义务，同时企业账目清晰、申报纳税真实准确，那么这种支付方式并不构成偷税行为。它符合劳动法律法规中关于工资支付的要求，也保障了劳动者的合法权益。
- 税务合规：在真实劳务关系下，企业必须严格按照税法规定，对支付的工资进行正确的税务处理，包括代扣代缴个人所得税等，这是企业应尽的税务义务。
若虚构劳务关系或未履行税务义务，则可能构成偷税
- 虚假申报与偷税：如果企业通过虚构工人名单、虚增工资数额等手段，将工程款伪装成工资发放，以减少企业实际应税收入，进而少缴纳企业所得税、增值税等相关税费，这属于典型的偷税行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，此类行为将被税务机关追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。
- 损害劳动者权益：虚假的工程款支付方式不仅可能导致企业偷税，还可能损害劳动者的权益，如未足额支付工资、未按时支付工资、未依法缴纳社会保险等。劳动者在此情况下有权通过法律途径维护自己的合法权益。
- 未履行代扣代缴义务：如果企业将工程款当作工资发放，但未按照规定为相关人员代扣代缴个人所得税，也会被认定为违反税收征管规定。税务机关将责令限期改正，并对未代扣代缴的行为进行处罚。
建议与注意事项：
- 严格区分工程款与工资：企业应明确区分工程款与工资的性质和用途，避免混淆使用，以确保税务处理的准确性和合规性。
- 依法履行税务义务：企业应严格按照税法规定，对支付的款项进行正确的税务处理，确保申报纳税的真实性和准确性，避免因违法而承担不必要的法律责任。
- 保护劳动者权益：企业应遵守劳动法律法规，保障劳动者的合法权益，包括按时足额支付工资、依法缴纳社会保险等，以维护良好的劳动关系。
- 加强证据收集与保管：企业应建立健全的财务管理制度，加强证据收集与保管工作，以备不时之需。在税务检查或法律纠纷中，完整的证据链将有助于企业证明自己的合规性。
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