农民工抽烟被罚款5000元，这一行为是否合法需分情况讨论：

1. 若罚款主体是用人单位
   根据《劳动合同法》及《行政处罚法》相关规定，用人单位无权对员工处以罚款，除非符合以下条件：

   • 罚款依据为员工严重违反规章制度（如公司明文规定“工作场所禁止吸烟，违者罚款5000元”）；
     
   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并公示；
     
   • 罚款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     结论：若用人单位直接罚款5000元，大概率违法，员工可申请劳动仲裁要求返还罚款。

2. 若罚款主体是行政机关（如消防、安监部门）
   根据《消防法》第六十三条，在具有火灾、爆炸危险的场所吸烟的，可处警告或500元以下罚款；情节严重的，处5日以下拘留。

   • 若农民工在易燃易爆场所（如加油站、化工厂）吸烟，行政机关最高罚款500元；
     
   • 若在普通工地吸烟，行政机关无权罚款，但可责令改正或警告。
     结论：行政机关罚款5000元缺乏法律依据，属于违法行为。

3. 若罚款主体是物业公司或第三方
   物业公司、工地承包方等非行政主体无权对个人处以罚款，其行为可能构成侵权。
   结论：此类罚款完全违法，被罚款者可要求返还并主张赔偿。

建议：

• 保留罚款凭证（如收据、转账记录）；
  
• 确认罚款主体身份（用人单位、行政机关还是第三方）；
  
• 根据主体类型，向劳动监察部门、上级行政机关或法院维权。
  

如有进一步细节（如罚款主体、场所性质等），可向我补充说明，我会为你分析具体维权路径。