关于“未办理离职手续是否算离职”的问题，这需要从法律和实际操作两个层面来详细解释。

首先，从法律层面来看，在《劳动合同法》实施之后，已经不存在“自动离职”这一法律概念。过去，“自动离职”可能被理解为职工终止劳动关系时不履行解除手续，擅自出走离岗或者解除手续没有办理完毕而离开单位。但在现行法律框架下，当员工出现类似“自动离职”、“不辞而别”等情形时，用人单位不能直接认定双方劳动关系已经解除。相反，用人单位应当将这些情形纳入到离职管理的范畴，要求员工办理辞职手续、送达催告复工通知书等。如果联系不上员工，用人单位应当及时按照严重违反规章制度等理由与员工解除劳动关系，以避免劳动关系一直存续。

其次，从实际操作层面来看，未办理离职手续并不意味着劳动关系自动终止。离职手续是员工与用人单位之间结束劳动关系的一系列程序，包括工作交接、薪资结算、社保转移等。这些手续的办理不仅是对员工个人权益的保障，也是用人单位规范管理、避免法律风险的重要环节。如果员工未办理离职手续就擅自离职，用人单位有权要求员工回来办理相关手续，或者根据规章制度对员工进行处理。

至于“双方未办理离职手续达一定时间是否视为双方协议离职”，这并没有一个固定的法律标准。在实际操作中，这通常取决于双方的具体行为和意图，以及用人单位的规章制度。如果双方长时间未办理离职手续，且没有明确的沟通或协议，那么不能简单地视为双方已经协议离职。在这种情况下，用人单位应当主动与员工联系，明确双方的关系状态，并根据实际情况采取相应的措施。

总结来说，未办理离职手续并不等同于离职。员工和用人单位都应当重视离职手续的办理，以确保双方权益的得到保障。如果员工未办理离职手续就擅自离职，用人单位应当及时采取措施，避免劳动关系一直存续带来的法律风险。同时，双方也应当通过沟通协商，明确双方的关系状态，并根据实际情况采取相应的措施来解决问题。