关于公司发员工的罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。

一、一般情况下的不合法性

1. 法律依据的缺失：自《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，在缺乏特定法律规定的情况下，公司对员工罚款通常被视为不合法。

2. 公司规章制度的限制：根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过民主程序，即与职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未经此程序制定包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度对员工不具有约束力，依据其进行的罚款也是不合法的。

3. 罚款内容的合法性：即使规章制度经过了民主程序，如果其中规定的罚款内容违反了法律法规的强制性规定，如罚款数额过高、严重影响员工基本生活等，那么这些规定也是无效的，公司不能依据这些规定对员工进行罚款。

二、特殊情况下的合法性

1. 赔偿经济损失的合法性：有一种特殊情况需要注意，那就是当员工因本人原因给用人单位造成经济损失时，公司有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除赔偿金额，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地月最低工资标准。这种扣除工资的行为是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且受到法律的明确限制和保护。

三、员工权益保护与建议

1. 了解自己的权益：员工在面对公司罚款时，应首先了解自己的合法权益，包括工资支付、规章制度制定程序等方面的规定。

2. 与公司协商：如果员工认为公司的罚款行为不合法或不合理，可以尝试与公司进行协商，寻求解决方案。

3. 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

4. 公司建议：对于公司而言，应建立完善的规章制度，明确可罚款的情形、标准和程序，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策，避免因信息不对称而引发的纠纷。

综上所述，公司发员工的罚款是否合法取决于具体情况和相关法律法规的规定。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益并采取适当措施进行维权。