结论前置：过期的商品扣员工工资是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。一般来说，如果因员工故意或重大过失导致商品过期并给公司造成损失，公司可依法扣除部分工资，但扣除比例和方式需符合法律规定；若员工无过错或公司制度不合法，则扣除工资不合法。以下从不同角度详细分析：
一、员工过错导致商品过期
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
分析：
- 如果商品过期是由于员工故意或重大过失（如未按照规定的存储条件保存商品、未及时检查商品有效期等）导致的，且给公司造成了实际经济损失，公司有权要求员工赔偿。
- 赔偿方式可以是直接扣除工资，但扣除比例需严格遵守法律规定，即每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
二、员工无过错导致商品过期
法律依据：
- 同样根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法律法规，员工非因本人原因造成公司损失的，公司不得随意扣除工资。
分析：
- 如果商品过期并非由于员工故意或重大过失导致，而是由于公司管理不善、供应链问题或其他非员工可控因素造成的，公司无权要求员工赔偿，更不得扣除员工工资。
- 在这种情况下，公司应自行承担损失，或通过改进管理、优化供应链等方式来避免类似情况再次发生。
三、公司制度不合法或未告知员工
法律依据：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
分析：
- 如果公司有关扣除工资的制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，则该制度对员工不具有约束力。
- 在这种情况下，即使商品过期是由于员工原因造成的，公司也不得依据该不合法制度扣除员工工资。
建议与总结
- 对员工：如果公司因商品过期扣除你工资，请首先确认自己是否存在故意或重大过失，并了解公司相关制度是否合法且已告知你。如认为扣除工资不合法，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
- 对公司：应建立健全商品管理制度和员工培训机制，避免因管理不善导致商品过期。如需扣除员工工资赔偿损失，请确保制度合法、程序合规，并严格遵守扣除比例和方式的规定。
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