离职后三个月才结清工资是不合法的行为。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定层面
《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：明确规定用人单位在解除或终止劳动合同时，应出具相关证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。同时，在办结工作交接时，用人单位应当支付经济补偿（如适用）并结清劳动者的工资。这一条款强调了工资结算与劳动合同解除或终止的同步性，即工资应在离职时或办结工作交接时结清。
《工资支付暂行规定》第九条：也明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这是为了保障劳动者在离职后能够及时获得其应得的劳动报酬，避免用人单位无故拖欠工资。
二、实际操作层面
正常离职流程：在正常情况下，劳动者按照正常程序离职（如提前三十日以书面形式通知用人单位，试用期内提前三日通知），用人单位应当在解除或者终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。这是为了保障劳动者的合法权益，确保劳动者在离职后能够及时获得经济支持。
特殊情况处理：虽然法律上没有明确规定离职后工资结算的具体时间，但用人单位应遵循相关法律法规和地区规定，确保在合理期限内结清劳动者工资。如果用人单位确实面临资金周转等特殊困难，应与劳动者进行协商，并按照协商一致的结果发放工资。然而，这种协商必须基于双方自愿，且不能违反法律法规的规定，更不能单方面决定延迟至三个月后发放工资。
三、劳动者维权途径
如果用人单位违反规定，未按时结算工资，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，要求其按时支付工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
申请劳动仲裁：劳动者还可以选择向当地的人力资源社会保障局劳动人事争议仲裁委员会申请劳动仲裁。通过仲裁程序，劳动者可以要求用人单位支付工资及可能产生的经济补偿等。仲裁裁决具有法律效力，必须履行。
提起诉讼：如果劳动者对仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼。通过司法途径，劳动者可以进一步维护自己的合法权益。
总结与建议：
离职后三个月才结清工资是不合法的行为。用人单位应当在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。如果用人单位未按时支付工资，劳动者应积极采取措施，通过合法途径维护自己的权益。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。