认定合同无效本身不适用诉讼时效制度，但基于合同无效产生的财产返还请求权、损害赔偿请求权等则适用诉讼时效规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、认定合同无效不适用诉讼时效

1. 诉讼时效的适用范围：诉讼时效主要适用于请求权，即权利人在一定期间内不行使权利，将丧失请求人民法院依诉讼程序强制义务人履行义务的权利。而认定合同无效属于形成权，是对合同效力的一种法律判定，它并不属于请求权的范畴，因此不适用诉讼时效制度。

2. 合同无效的性质：合同无效是因为其内容或订立情形违反了法律法规的强制性规定、损害国家利益或社会公共利益等根本性要求，自始、当然、确定地不发生法律效力。这种无效状态是客观存在的，不以时间经过而改变，不能因时间的推移使得原本无效的合同变得有效。

二、基于合同无效产生的权利适用诉讼时效

1. 财产返还与损害赔偿：虽然认定合同无效本身不受诉讼时效限制，但合同被确认无效后，因合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。同时，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。这些基于合同无效产生的财产返还请求权、损害赔偿请求权等，是适用诉讼时效规定的。

2. 诉讼时效的起算：

   • 一般情况：对于上述权利的诉讼时效，通常从合同被确认无效之日起计算。这意味着，在合同被确认为无效后，权利人需要在法定的诉讼时效期间内行使相关权利，否则可能丧失胜诉权。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
   • 特殊情况：如果合同存在无效的法定情形，且涉及国家利益、社会公共利益等重大利益，即使超过了基于合同无效产生的权利的诉讼时效，法院仍可能根据具体情况进行审查和处理。此外，对于持续履行或分期履行的合同，诉讼时效的起算点可能有所不同，需根据具体案件情况由法院综合判断。

三、实际案例说明

假设甲和乙签订了一份买卖合同，但后来发现该合同因违反法律法规的强制性规定而无效。甲在合同签订多年后才发现这一问题，并起诉至法院要求确认合同无效并返还已支付的款项。

• 确认合同无效：甲要求确认合同无效的请求不受诉讼时效限制，无论合同签订了多久，甲都有权起诉要求确认其无效。
• 返还已支付款项：甲要求乙返还已支付款项的请求则受诉讼时效限制。如果甲在合同被确认无效后三年内未行使该权利，则可能丧失胜诉权。但需要注意的是，如果甲在合同签订后一直不知道合同无效的事实，或者因乙的欺诈行为而未能及时发现，那么诉讼时效的起算点可能会有所不同。

四、建议与总结

1. 及时行使权利：一旦发现合同可能存在无效情形，应及时行使相关权利，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
2. 咨询专业律师：在处理此类问题时，建议向我直接咨询以获取准确的法律意见。我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。

综上所述，认定合同无效本身不适用诉讼时效制度，但基于合同无效产生的相关权利则受诉讼时效约束。在处理此类问题时，请务必注意诉讼时效的起算点和期间，并及时行使相关权利。