核心结论：针对借书逾期被扣1000元的情况，需分步骤处理：先核查图书馆的规章制度，确认扣款依据和金额是否合法合理；若存在争议，可与图书馆协商解决；协商无果时，可向相关部门投诉或通过法律途径解决。以下是具体分析：

1. 核查图书馆的规章制度

   • 合法性审查：首先，需要查看图书馆的借阅规则或相关规章制度，确认其中是否有关于逾期还书的罚款条款。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，图书馆作为服务提供者，有权在用户违反借阅规则时收取一定的违约金或赔偿金，但这一金额应当合理，不能过高。
   • 合理性判断：即使规章制度中有罚款条款，也需要判断1000元的罚款是否合理。一般来说，罚款金额应当与逾期还书给图书馆造成的实际损失相当，如额外的管理成本、图书损坏风险等。如果罚款金额明显过高，可能构成不合理的惩罚，用户有权提出异议。

2. 与图书馆协商

   • 沟通协商：如果认为罚款金额不合理，可以与图书馆进行沟通协商，说明自己的情况和理由，请求减免部分或全部罚款。在协商过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取达成双方都能接受的解决方案。
   • 书面记录：如果协商成功，建议要求图书馆出具书面减免证明或修改借阅记录，以避免未来可能出现的纠纷。

3. 投诉与法律途径

   • 投诉渠道：如果协商无果，可以向图书馆的上级主管部门或相关消费者权益保护机构投诉，寻求帮助和支持。在投诉时，提供详细的证据和情况说明，以便相关部门能够准确了解问题并作出公正处理。
   • 法律途径：如果投诉仍未解决问题，可以考虑通过法律途径解决。可以咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询），了解自己的法律权益和可能的诉讼途径。在提起诉讼前，需要收集充分的证据，如借阅记录、罚款通知、沟通协商记录等，以支持自己的主张。

额外建议：

• 在未来的借阅过程中，务必仔细阅读并遵守图书馆的借阅规则，避免因疏忽大意而再次产生逾期还书的情况。
• 如果对图书馆的规章制度有疑问或建议，可以及时向图书馆反馈，促进规章制度的完善和改进。