针对您提出的“已婚军人有外遇怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，这里涉及两个层面的法律与道德问题：一是军人作为个体的行为规范，二是破坏军婚的法律后果。不过，从您的提问表述来看，我推测您可能更关注的是当已婚军人遭遇配偶有外遇（即他人破坏军婚）的情况时，应如何处理。以下我将基于这一理解，结合相关法律法规，为您提供详细解答。

一、法律层面：破坏军婚的法律后果

根据《中华人民共和国刑法》第二百五十九条的规定：“明知是现役军人的配偶而与之同居或者结婚的，处三年以下有期徒刑或者拘役。”这意味着，如果有人明知某人是现役军人的配偶，仍然与其同居或结婚，将构成破坏军婚罪，并受到法律的制裁。

案例参考：

• 湖北省高级人民法院与中国人民解放军武汉军事法院共同发布的案例中，杜某某明知徐某是现役军人的配偶而与其同居，被判处有期徒刑六个月。
• 江西省南昌县检察院办理的龚某破坏军婚案中，龚某同样因明知陈某是军人配偶而与其同居，被提起公诉并面临法律制裁。

二、处理建议

1. 收集证据：

   • 如果军人发现配偶有外遇，首先应尽可能收集相关证据，如聊天记录、照片、视频等，以证明对方确实存在破坏军婚的行为。

2. 向公安机关报案：

   • 军人或其家属可以向当地公安机关报案，说明情况并提供证据。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果决定是否立案。

3. 寻求法律援助：

   • 在处理此类案件时，军人或其家属可以寻求专业律师的法律援助，以确保自身权益得到充分保护。

4. 配合司法程序：

   • 一旦案件进入司法程序，军人或其家属应积极配合司法机关的工作，如出庭作证、提供证据等，以推动案件的顺利审理。

5. 关注军人心理健康：

   • 遭遇配偶背叛对军人来说可能是一次重大的心理打击。因此，在处理法律问题的同时，也应关注军人的心理健康，提供必要的心理支持和辅导。

三、道德层面

虽然法律对破坏军婚的行为有明确的制裁措施，但道德层面的谴责同样重要。破坏军婚不仅违反了法律，也违背了社会公德和婚姻伦理。因此，社会应共同谴责这种行为，维护军人的合法权益和婚姻家庭的稳定。

四、预防措施

• 加强军人婚姻保护教育：通过宣传教育等方式，提高军人及其家属对婚姻保护的意识，增强法律观念。
• 完善军人婚姻保护机制：建立健全军人婚姻保护机制，为军人提供更加全面、有效的法律保障和支持。

综上所述，当已婚军人遭遇配偶有外遇时，应通过法律途径维护自身权益，同时关注心理健康和道德层面的谴责。希望这些建议能对您有所帮助。