在我国，公司对员工罚款的合法性是一个需要细致分析的问题，其答案并非一概而论，而是取决于具体的情况和条件。
首先，从一般原则来看：
我国《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等核心劳动法律，并未明确赋予用人单位直接对员工进行罚款的权力。罚款，作为一种行政处罚手段，其执行权在法律上归属于特定的执法单位，如行政机关，而公司并不具备这样的行政处罚权。
然而，在特定条件下，公司可能拥有一定的经济惩戒权：
员工因个人原因给公司造成经济损失： 根据《工资支付暂行规定》，如果员工因个人疏忽或故意行为给公司造成了经济损失，公司有权依据劳动合同的约定，要求员工进行赔偿。在赔偿过程中，公司可以从员工的工资中扣除相应的金额，但这一扣除必须受到严格限制：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。
公司规章制度中的经济惩戒措施： 在某些地区，如果公司的规章制度是通过民主程序制定，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，且其中对于员工的某些违规行为设定了合理的经济惩戒措施（尽管这些措施在名称上可能不直接称为“罚款”），法院在司法实践中可能会根据具体情况予以一定程度的认可。但这种情况并不等同于公司拥有完全自主的罚款权力，且不同地区的法院在裁判观点和尺度上可能存在差异。
对于公司处理员工违规行为的合法方式：
公司应优先通过内部规章制度或劳动合同来明确纪律处分措施，这些措施必须在法律允许的范围内，并且需要事先公示或告知员工。除了经济惩戒外，公司还可以采取警告、调岗、解除劳动合同等合法手段来处理员工的违规行为。
员工权益保护方面：
如果员工认为公司的罚款行为不合法，首先应尝试与公司进行协商沟通，要求公司纠正不合理行为。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。劳动行政部门将依法对公司进行调查处理，确保员工的权益得到保障。
总结：
公司在处理员工违规行为时，应严格遵守相关法律法规，采取合法、合理的手段进行管理和约束。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度的制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。但在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施进行维权。