结论前置：公司因员工迟到扣钱是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度明确、合法制定且公示，扣钱标准合理且不违反最低工资标准，则扣钱行为可能合法；反之，则可能违法。

合法扣钱的条件

1. 规章制度明确且合法制定：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 解析：公司需通过民主程序制定关于迟到扣钱的规章制度，内容不得违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示。在此情况下，公司依据该规章制度对迟到员工进行合理扣钱，是行使用工自主权的体现，不违反法律。

2. 劳动合同有约定：

   • 若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣钱也是合法的。

3. 扣除金额合理：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 解析：公司扣钱的数额应当合理，不能过高，要与员工的迟到情节、给公司造成的损失等因素相适应。若扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则公司的扣钱行为可能违反法律。

4. 特殊情况处理：

   • 若员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或公司安排的事务而迟到，公司应合理考虑并不予扣钱。

不合法扣钱的情形

1. 缺乏规章制度或未公示：

   • 若公司未依法制定关于迟到扣钱的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，则对迟到员工的扣钱行为可能不合法。

2. 扣罚金额不合理：

   • 如前所述，若扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则公司的扣钱行为可能违反法律。

3. 特殊情况下的迟到仍扣钱：

   • 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，公司仍扣工资则不合理，应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。

劳动者权益保护

• 解析：劳动者认为用人单位的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况时，可通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。例如，劳动者可以先与公司进行协商，看是否能达成一致；若协商不成，可以向当地的劳动争议调解委员会申请调解；若调解仍无法解决问题，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

法律法规的适用

• 解析：处理迟到扣工资等劳动争议时，除《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》外，还需参考《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。

总结：公司因员工迟到扣钱的合法性需综合考虑规章制度的制定和执行是否符合法律规定、扣罚措施是否合理等因素。用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工，以维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。若您在此方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询。