在处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合法解除与违法解除劳动合同两种不同情形，每种情形下的赔偿标准是不同的。

一、合法解除劳动合同的情形及赔偿

如果员工在医疗期满后，确实无法从事原工作，也无法从事由公司另行安排的工作，那么公司有权在提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资后，解除劳动合同。在这种情况下，公司需要按照员工在本单位的工作年限，以每满一年支付一个月工资的标准，向员工支付经济补偿。这里的月工资，指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，且支付年限最高不超过十二年。

举例说明：假设员工在公司工作了5年，月平均工资为6000元，且当地上年度职工月平均工资为5000元（未超过三倍），那么公司应支付的经济补偿为5个月工资，即5×6000=30000元。

二、违法解除劳动合同的情形及赔偿

如果公司未遵循法定程序，比如未提前通知或未支付代通知金，就直接辞退员工，或者员工实际上能够胜任新工作却被辞退，那么这种辞退行为将被视为违法解除劳动合同。在这种情况下，公司需要按照经济补偿标准的两倍，向员工支付赔偿金。

举例说明：继续以上述员工为例，如果公司违法解除劳动合同，那么应支付的赔偿金为经济补偿的两倍，即30000×2=60000元。

三、实际操作建议

1. 明确辞退性质：员工在收到辞退通知时，应首先判断公司的辞退行为是否合法，这是确定赔偿标准的关键。

2. 计算具体金额：根据辞退的性质、员工的工作年限以及月工资等因素，准确计算应支付的经济补偿或赔偿金。

3. 保留证据：员工应保留好与公司的劳动合同、工资单、医疗证明等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。

4. 咨询专业律师：鉴于劳动法律关系的复杂性，建议员工在处理此类问题时咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保护。

综上所述，处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题，需要严格区分合法与违法解除劳动合同的情形，并依据相关法律法规准确计算经济补偿或赔偿金。希望这些信息能对您有所帮助。