在处理工程款纠纷时，您可以根据纠纷的具体性质和情况，选择以下合适的部门或途径来解决：
行政主管部门介入
- 住房和城乡建设局（住建局）：作为建筑行业的主要监管部门，住建局负责市场秩序、工程质量及施工安全的监督。如果工程款纠纷涉及到工程违规行为，如违法转包、分包，或者存在工程质量、施工安全等问题，您可以向住建局投诉。住建局有权对违规企业进行行政处罚，并提供调解服务，帮助双方解决纠纷。
- 清欠办：全称清理建设领域拖欠工程款领导小组办公室，专门负责解决建设领域的工程款和农民工工资拖欠问题。如果发包方恶意拖欠工程款，导致施工企业无法支付工资，您可以向清欠办反映情况，由其督促责任方解决问题。
第三方调解机构协助
- 人民调解委员会：这是一个依法设立的群众性组织，负责调解民间纠纷。在工程款纠纷中，双方当事人可以共同向人民调解委员会提出调解申请。调解员会灵活高效地促成双方和解，降低解决纠纷的成本。
- 行业协会：建筑行业协会作为行业自律组织，具有权威性和影响力。如果纠纷发生在会员企业之间，您可以向行业协会申请调解。行业协会会利用其资源和专业知识，为双方提供调解服务，同时规范企业行为，促进市场健康发展。
司法途径维权
- 仲裁机构：如果合同中约定了仲裁条款，发生纠纷时，您可以将纠纷提交至约定的仲裁机构进行仲裁。仲裁具有专业性、保密性、快捷性，且裁决具有法律效力。如果一方不履行裁决，另一方可以向法院申请强制执行。
- 人民法院：诉讼是解决工程款纠纷的最终途径。如果纠纷无法通过其他方式解决，或者合同未约定仲裁条款，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。法院将依据法律法规和证据材料作出公正裁决。对一审判决不服的，您可以在规定时间内提起上诉。
建议与注意事项：
- 在处理工程款纠纷时，务必保留好所有相关证据，如合同、付款记录、沟通记录等。这些证据是证明您权益的关键，有助于提高纠纷解决的成功率。
- 根据纠纷的具体情况和自身需求，选择最合适的解决途径。行政投诉适用于涉及违规行为的纠纷；第三方调解适用于希望快速、低成本解决问题的纠纷；而司法途径则适用于无法通过其他方式解决的严重纠纷。
- 在整个过程中，保持冷静和理性，避免采取过激行为。通过合理运用行政、调解和司法等手段，您可以有效维护自己的合法权益。
希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理工程款纠纷过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。