公司在有案件期间确实可以变更法人，但具体能否变更以及变更的程序和限制会因案件性质的不同而有所差异。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国公司法》第十三条的规定，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。这一条款并未禁止在有案件期间变更法人，因此，从法律层面讲，公司在有案件时是可以变更法人的。
二、不同案件性质下的变更情况
民事案件：
- 在民事案件期间，公司可以按照法定程序变更法人。但需注意，变更过程中应确保不损害债权人利益，不逃避法律责任。
- 变更法人需履行内部决策程序，如召开股东会或董事会，并形成决议。同时，需向公司登记机关提交相关材料，如变更登记申请书、新法人代表的身份证明等，完成工商变更手续。
- 在涉及诉讼的情况下，还需向法院提交变更法定代表人的书面说明及新的法定代表人身份信息，以确保诉讼程序的顺利进行。
刑事案件：
- 若公司本身作为犯罪主体被追究刑事责任（如单位犯罪），则变更法定代表人的请求通常不会被允许，因为这与刑事诉讼活动存在直接关联。此时，相关机关会对公司的经营活动及法定代表人职责进行调查和审查。
- 若仅是公司个别员工或管理层涉嫌犯罪，而公司本身并未被卷入刑事案件中，理论上可以考虑变更法定代表人。但需遵循公司内部决策程序的合规性，并获得相关监管机构的批准。同时，新的法定代表人需满足资格条件，并承担相应责任和义务。
- 司法机关在办理刑事案件过程中，可能会根据公司的具体情况和案件需要，对公司的某些行为进行限制，包括法人变更。若司法机关认为变更法人可能影响案件侦查、证据收集或损害债权人利益等，可能会要求工商部门暂停办理相关变更手续。
三、变更过程中的注意事项
履行内部决策程序：
- 变更法人需按照公司章程或股东会决议等法定程序进行，确保变更的合法性和有效性。
向登记机关申请变更登记：
- 需提交相关材料，如新法人的身份证明、变更登记申请书等，完成工商变更手续。
通知相关方：
- 应及时通知与公司有业务往来的合作伙伴、债权人等，避免产生不必要的纠纷。
- 在涉及诉讼的情况下，还需向法院提交变更法定代表人的书面说明及新的法定代表人身份信息。
考虑潜在风险：
- 逃避责任的风险：若公司为逃避法律责任而恶意变更法人，可能面临法律风险，如被追究原法人的责任或受到行政处罚。
- 影响诉讼进程：在诉讼过程中变更法人，可能导致法院送达困难，影响诉讼效率。同时，新法人可能需要承担原公司的部分义务和责任，增加其法律风险。
四、特殊情形下的限制
- 失信被执行人名单中的公司：根据相关规定，被列入失信被执行人名单的企业法定代表人可能发生变更时，需经过法院审查同意。这是为了防止企业通过变更法人来规避执行措施。
总结与建议：
公司在有案件期间变更法人是一个复杂且需谨慎处理的问题。在决定变更前，应充分了解案件性质、相关法律法规和程序要求，并评估变更可能带来的法律风险和后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。