承包水库养鱼在符合相关法律法规和程序的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同受法律保护。承包水库养鱼的合同，如果双方意思表示真实，不违反法律法规的强制性规定，即为有效合同。
- 《中华人民共和国渔业法》也规定了国家鼓励和支持水产养殖业的发展，并保护养殖生产者的合法权益。因此，在合法合规的前提下，承包水库进行水产养殖是受到法律保护的。
政策导向：
- 国家对于水资源的合理利用和保护有明确的政策导向，鼓励通过承包、租赁等方式，将水资源用于合法的生产经营活动，包括水产养殖。
合法承包的条件与程序
取得承包经营权：
- 承包者需要与水库的所有权人或管理单位签订承包合同，明确双方的权利和义务。
- 承包合同应包含承包期限、承包费用、养殖品种、养殖方式、环境保护责任等关键条款。
遵守相关法律法规：
- 承包者必须遵守《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规，确保养殖活动不对环境造成污染。
- 禁止使用违禁药物和饲料添加剂，确保水产品的质量安全。
办理相关手续：
- 在某些地区，承包水库养鱼可能需要向当地渔业行政主管部门申请养殖证或备案。
- 承包者应了解并遵守当地的具体规定和要求，确保养殖活动的合法性。
特殊情况与注意事项
特殊保护水库的限制：
- 对于涉及饮用水源或其他特殊保护的水库，可能存在更严格的法律规定。这类水库通常受到更为严格的保护和管理，可能不允许进行水产养殖活动。因此，在承包前必须充分了解水库的性质和保护要求，确保承包行为不违反相关法律法规。
水质保护与生态平衡：
- 水库作为重要的水资源储备地，其水质保护和生态平衡至关重要。承包者在进行养殖活动时，应采取有效措施防止水体污染和生态破坏，如合理控制养殖密度、使用环保饲料等。
合同风险与市场风险：
- 承包合同应明确约定双方的权利和义务，以及违约责任和解决争议的方式。承包者应仔细阅读合同条款，避免陷入合同陷阱。
- 水产养殖受市场波动和自然灾害的影响较大。承包者应做好市场调研和风险评估，制定合理的经营计划，以应对可能的市场风险和自然灾害。
违法行为的后果
- 如果承包者未经合法授权私自占用水库进行养鱼，或者违反了环保、渔业等方面的强制性规定，如过度投放饲料导致水质恶化、使用禁止的药物防治鱼病等，将面临法律责任。这可能包括罚款、没收渔获物和违法所得、吊销养殖证或承包合同等行政处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
总结与建议：
承包水库养鱼在符合相关法律法规和程序的情况下是合法的。在承包前，建议充分了解水库的性质、用途规划、保护要求以及相关法律法规，确保承包行为的合法性和可持续性。同时，在承包过程中应严格遵守合同约定和各项法律法规，保护水库生态环境，实现经济效益与生态效益的双赢。如果您在承包水库养鱼过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。