员工违规时，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是不合法的，但公司在一定条件下可以依据合法有效的规章制度采取经济处罚措施，且该处罚不能等同于罚款，并需确保合理性和合法性。下面我从不同角度为你详细分析：

一、不合法的情况

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。
2. 实际案例：例如，若公司以员工上班迟到为由直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的，属于不合法的情况。

二、合法的情况（在一定条件下）

1. 规章制度要求：公司可以基于合法有效的规章制度对违反规定的员工进行经济处罚，但该规章制度必须经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向劳动者公示或告知。
2. 处罚合理性：经济处罚应具合理性，与员工的违规行为相对应，且罚款金额需在合理范围内（如不超过当月工资的20%）。例如，公司规章制度明确规定员工旷工一天将扣除当天工资的200%作为处罚（在法定限额内），且该规章制度经过民主程序并制定并向员工公示，则此处罚在员工旷工时是合法的。
3. 法律依据：
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第四条强调了规章制度制定的民主程序和合法性要求。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条规定了因劳动者原因造成经济损失的赔偿责任，但并未提及罚款，不过该条款为经济处罚提供了一定的法律依据，即公司可以在员工造成经济损失时，按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且赔偿金额的扣除需遵循一定规则。

三、公司可采取的其他合法措施

1. 经济处罚替代方案：公司可通过绩效考核扣分、降低绩效奖金等方式实现类似经济处罚的效果，但需确保相关制度经过民主程序制定并公示告知员工。例如将工作失误纳入考核指标，通过减少绩效分数间接影响收入。
2. 解除劳动合同：员工严重违反规章制度时，公司可依法解除劳动合同。需满足两个条件：一是规章制度合法有效且已向员工公示；二是违纪事实证据充分。如员工多次旷工达到制度规定的解雇标准，公司可单方解除合同。
3. 要求赔偿损失：员工因故意或重大过失造成单位损失时，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿。赔偿金额以实际损失为限，可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。

四、建议与注意事项

1. 完善规章制度：公司应建立完善的规章制度，明确可处罚的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。
2. 加强沟通与培训：公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和处罚政策。同时，定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
3. 合理行使权利：公司在行使处罚权利时，应充分考虑员工的实际情况和过错程度，避免过度处罚或滥用处罚权利。

如果你遇到了员工违规罚款的问题，或者公司想要制定合理的规章制度来管理员工，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供详细的法律建议。