结论前置：在我国，企业并不具备行政处罚权，因此不能直接对员工进行罚款。工厂对员工进行“扣款”的行为，其合法性主要取决于扣款行为的本身是否合法、合理以及是否符合相关法律规定和程序，而非仅仅取决于扣款数额的多少。不过，若从员工工资中扣除款项以赔偿经济损失等特定情形，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

详细分析：

1. 企业无权直接罚款：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织行使。企业并非行政机关，不具备直接罚款的权力。
   • 原《企业职工奖惩条例》曾赋予企业罚款权，但该条例已于2008年废止。此后，法律未明确授予用人单位经济处罚权。

2. 合法扣除工资的情形：

   • 代扣代缴费用：工厂可以依法代扣代缴社保、个税等费用，这是法律规定的义务。
   • 经济损失赔偿：如果员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，工厂在符合法定程序的情况下，可以从员工工资中扣除赔偿金额。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。具体计算公式为：每月最多扣除金额 = 员工当月工资 × 20%；扣除后最低工资 = 当地月最低工资标准。
   • 劳动合同约定：依法签订的劳动合同中明确规定的减发工资情形，如病假工资等，工厂可以按照合同约定执行。
   • 厂规厂纪规定：用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中明确规定的罚款处分等，工厂可以据此执行，但扣除金额同样需遵守国家规定的标准。

3. 违法扣款的行为：

   • 无规章制度依据扣款：工厂没有制定明确的、合理合法的规章制度，或者没有与员工进行相关约定，就擅自以各种理由扣员工工资，这是不合法的。
   • 未按法定程序扣款：即使工厂有相关规章制度规定可以扣款，但如果没有按照法定程序进行，如未提前告知员工、未给员工陈述和申辩的机会等，也是违法的。
   • 莫须有的理由扣减：劳动者无过错的情况下，工厂无故克扣工资是违法的。

4. 员工权益保护：

   • 如果工厂擅自以罚款名义克扣员工工资，员工首先可与工厂协商解决。
   • 协商不成时，员工可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 在维权过程中，员工应保留相关证据，如工资条、扣款通知等，以证明自己的主张。

举例说明： 假设某员工当月工资为5000元，因工作失误给工厂造成经济损失，工厂决定从其工资中扣除赔偿金额。根据法律规定，每月最多扣除金额为5000元的20%，即1000元。若当地月最低工资标准为2000元，则扣除后员工应至少获得2000元工资。若工厂扣除金额超过1000元或扣除后员工工资低于2000元，则属于违法扣款。

总结与建议： 工厂对员工进行扣款时，应确保扣款行为的合法性和合理性，并严格遵守相关法律规定和程序。员工在面对工厂扣款行为时，应了解自己的权益和维权途径，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。