文件只签字不按手印，在大多数情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与合同成立

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确指出了签名、盖章和按指印三种方式在法律上具有同等的效力，是判断合同是否成立的重要依据。因此，只要合同当事人在合同上签字了，该合同即已成立，并不以按手印为必要条件。

二、合同生效的条件

合同的生效，除了需要满足成立的条件外，还需要满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：即合同双方必须具备能够完全理解自己的行为并承担相应法律责任的能力。
2. 意思表示真实：合同双方签订合同必须是基于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：合同内容必须合法，且不得违背社会公共利益和道德准则。

只要合同满足上述条件，且已经通过签字使合同成立，那么该合同就是有效的。签字作为当事人真实意愿表达的一种方式，足以使合同成立并生效，并不以按手印为生效的必要条件。

三、特殊情况说明

尽管在大多数情况下，只签字不按手印并不影响合同的效力，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 合同中有特别约定：如果双方在合同中明确约定需要按手印才能生效，那么就需要按照这一特别约定来执行。在这种情况下，按手印成为了合同生效的必要条件。如果没有按手印，即使其他条件都满足，合同也可能因为未满足这一特别约定而无效。
2. 签字真实性存疑：如果合同中的签字存在伪造、冒签等情形，那么该合同的效力可能会受到质疑。在这种情况下，即使合同已经签字，也可能因为签字不真实而无效。

四、实际操作建议

1. 确保签字真实有效：在签订合同时，务必确保签字是真实的，且是当事人本人所签。如果可能的话，可以要求当事人在签字时出示身份证明，以确认其身份。
2. 明确合同生效条件：在签订合同时，建议双方明确合同生效的条件，以避免后续因合同生效问题产生纠纷。如果合同中有特别约定需要按手印才能生效，那么务必按照约定执行。
3. 妥善保管合同文本：签订合同后，务必妥善保管好合同文本，以备后续需要查阅或证明合同内容时使用。

总结来说，文件只签字不按手印在大多数情况下是有效的，但具体还需结合合同的具体内容和双方的约定来判断。如果你在签订或履行合同过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。