工厂以绩效考核为由扣工资，其合法性取决于多个条件，具体分析如下：
合法情形
制度依据与民主程序：
- 工厂必须制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。若工厂未能履行这些程序，其扣工资行为可能构成违法。
- 举例：若工厂在未与员工协商或未公示的情况下，单方面以绩效考核为由扣工资，这种行为是不合法的。
合同约定：
- 工厂与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，工厂可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则工厂有权根据绩效考核结果扣减工资。
- 举例：若劳动合同中明确规定了绩效工资的占比、考核标准及扣减规则，且这些规定合法合理，工厂在员工未达标时扣减绩效工资是合法的。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
- 举例：若工厂的绩效考核标准模糊不清，或考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，工厂基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。若扣减后的工资低于这一标准，工厂的行为构成违法。
- 举例：若某地区最低工资标准为2000元/月，而工厂扣减后员工的工资仅为1800元/月，这种行为是不合法的。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若工厂未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则工厂无权擅自扣减劳动者的工资。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在不公正行为，如主观臆断、暗箱操作等，导致考核结果不公正，工厂基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，工厂的行为构成违法。
法律后果：
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂补发工资并承担相应的法律责任。这可能包括支付拖欠的工资、经济补偿金以及可能的赔偿金等。
应对建议
与工厂沟通协商：
- 首先尝试与工厂进行友好沟通，了解扣工资的具体原因和依据，要求工厂出示相关的考核记录和制度规定。通过沟通，可能解决误解，促使工厂纠正不合理的扣工资行为。
申请劳动争议调解：
- 若协商无果，可向劳动争议调解委员会申请调解。调解委员会将听取双方意见，协助沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如认为工厂的扣工资行为存在违法行为，可向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门将对工厂的扣工资行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若调解和投诉均无法解决问题，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，需提供充分证据支持自己的主张，如工资条、考勤记录、工作成果记录等。
总结来说，工厂以绩效考核为由扣工资是否合法，取决于考核制度的制定程序、内容合理性以及扣工资幅度的合法性。劳动者在面对这种情况时，应首先判断考核制度的合法性和合理性，然后采取相应的应对措施来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。