针对您提出的“员工迟到怎么办”这一问题，这确实是一个在企业管理中常见且需要细致处理的问题。首先，我们要明确的是，员工迟到确实违反了公司的劳动纪律，但公司在处理这一问题时，必须遵循合法、合理和善意的原则。

一、合法性原则

公司有权通过规章制度来管理员工的考勤，这是公司管理权的一部分。然而，这种管理权并非无限制的。根据相关法律法规，公司不能随意扣除员工的工资作为迟到的惩罚，特别是当扣除的金额超出员工正常日薪的合理范围时，这将被视为违法行为。例如，如果公司因为员工迟到而扣除多倍的工资，这种做法既违背了法律规定，也不符合情理。

二、合理性原则

在处理员工迟到问题时，公司应确保其规章制度中的惩罚措施是合理的。这意味着，惩罚应与员工迟到的实际后果相匹配。比如，如果员工只是轻微迟到几分钟，那么扣除其整天的工资显然是不合理的。相反，公司可以考虑按照员工迟到的实际时间，扣除其相应未提供劳动时间对应的工资部分。

三、善意性原则

公司在处理员工迟到问题时，还应体现出善意和人性化的管理。这包括在员工迟到后，给予其解释和说明的机会，以及考虑是否存在特殊情况（如交通堵塞、突发疾病等）导致迟到。如果员工能够提供合理的解释，公司可以考虑减轻或免除其惩罚。

四、具体建议

1. 制定合理的考勤制度：公司应制定明确、合理的考勤制度，明确迟到的定义、惩罚措施以及申诉机制等。

2. 加强沟通与教育：公司应定期与员工进行沟通，强调考勤的重要性，并提供必要的培训和教育，帮助员工提高时间管理能力。

3. 灵活处理特殊情况：对于因特殊情况导致迟到的员工，公司应给予理解和支持，并考虑减轻或免除其惩罚。

4. 依法处理违规行为：对于确实存在恶意迟到行为的员工，公司应依法进行处理，但应确保处理过程合法、合理且善意。

五、案例参考

以您提供的案例为例，上海某医疗公司因员工迟到而扣除其20余万元工资的做法显然是不合理的。法院最终判决公司支付员工工资差额，也体现了法律对劳动者合法权益的保护。因此，公司在处理员工迟到问题时，应引以为戒，确保处理过程合法、合理且善意。

综上所述，公司在处理员工迟到问题时，应遵循合法、合理和善意的原则，制定合理的考勤制度，加强沟通与教育，灵活处理特殊情况，并依法处理违规行为。这样既能维护公司的正常运营秩序，又能保障员工的合法权益。