关于病假超过3个月后年假如何计算的问题，需分情况讨论，具体如下：

1. 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《职工带薪年休假条例》的核心原则
   年假与病假是独立的法定福利，病假超过3个月本身不会直接导致年假“清零”或自动扣除。但需结合医疗期、工龄及单位规章制度综合判断：

   • 医疗期内的病假：若员工处于法定医疗期内（根据工龄为3-24个月不等），单位应支付病假工资（通常为当地最低工资的80%），且不得因病假剥夺年假资格。
     
   • 医疗期外的病假：若病假超过法定医疗期，单位可依法解除劳动合同，此时年假问题需以劳动合同解除时间为节点处理。

2. 年假的折算规则（关键点）
   若员工在当年未休完年假，且因病假等原因离职或劳动合同终止，单位需按日工资收入的300%支付未休年假工资（含已支付的正常工资，实际额外支付200%）。

   • 折算公式：
     $\( \text{未休年假天数} = \left( \frac{\text{当年度在本单位已过日历天数}}{365} \right) \times \text{员工全年应享年假天数} - \text{已休年假天数} \)$
     
   • 病假影响：若员工累计病假超过2个月（按工龄划分），可能影响下一年度年假天数（例如：工龄10年以下者，病假超2个月则次年无年假），但不影响当年年假。

3. 实务中的常见争议点

   • 单位规章制度冲突：若单位规章制度规定“病假超3个月取消当年年假”，需审查该条款是否与《职工带薪年休假条例》冲突。根据法律规定，单位规章不得剥夺法定年假权益，此类条款可能被认定无效。
     
   • 举证责任：员工需保留病假证明、工资条等证据，以证明病假合法性及单位未安排年假的事实。

建议行动：

1. 核对个人工龄及单位规章制度，确认医疗期长度及年假计算方式；
   
2. 若单位拒绝安排年假或扣减工资，可先与HR协商，明确引用《职工带薪年休假条例》第3-5条；
   
3. 如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张未休年假工资及权益。
   

如有具体案例细节（如工龄、单位类型等），可进一步补充说明，我会为您细化分析。