虚开普通发票的违法所得计算，通常以行为人通过虚开发票实际获取的非法利益为准，包括收取的开票费、手续费等直接经济收益。具体来说，可以从以下几个角度详细分析：

1. 违法所得的认定原则
   根据《刑法》及相关司法解释，违法所得是指行为人通过实施违法行为直接获得的财产性利益。在虚开普通发票案件中，违法所得通常表现为行为人向受票方收取的“开票费”“手续费”等费用。这些费用是行为人虚开发票的直接对价，属于非法所得，应当依法追缴。

2. 违法所得的计算方式

   • 直接收费模式：若行为人明确按照发票金额的一定比例（如1%-5%）收取费用，则违法所得=虚开发票金额×收费比例。
     
   • 固定费用模式：若行为人按每张发票收取固定费用（如每张500元），则违法所得=虚开发票数量×单张费用。
     
   • 混合模式：若行为人同时采用上述两种方式，则需分别计算后累加。
     注意：若行为人未实际收取费用（如为亲友无偿虚开），虽可能构成虚开发票罪，但违法所得可能为零，但仍需承担刑事责任。

3. 违法所得的追缴与处罚

   • 追缴范围：根据《刑法》第六十四条，违法所得应当予以追缴或责令退赔，上缴国库。
     
   • 量刑影响：违法所得数额是认定虚开发票罪“情节严重”或“情节特别严重”的重要依据。根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）的补充规定》，虚开发票金额累计在40万元以上，或虚开发票100份以上且票面金额在20万元以上，或5年内因虚开发票受过刑事处罚或二次以上行政处罚又虚开的，应予立案追诉。违法所得数额越大，量刑可能越重。

4. 实务中的注意事项

   • 证据固定：司法机关通常通过行为人的银行流水、聊天记录、合同等证据认定违法所得，行为人需注意保留相关记录。
     
   • 主动退赃：若行为人在案发前主动退还违法所得，可能作为从轻处罚的情节。
     
   • 税务处理：虚开发票行为还可能涉及逃税、骗取出口退税等违法犯罪，需同步评估税务风险。

建议：若您或他人涉及虚开普通发票行为，务必立即停止违法行为，并咨询专业律师评估法律风险。违法所得的计算需结合具体案情，必要时可委托律师协助与司法机关沟通，争取从宽处理。