已经申请破产清算的公司仍然可以被起诉，但具体情况需根据诉讼的性质和目的来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以起诉的情形
债权申报与确认纠纷：
- 在破产清算过程中，债权人需要向管理人申报债权。如果管理人对债权人的申报不予确认或部分确认，债权人可以向法院提起诉讼，要求确认其债权。这是基于《中华人民共和国企业破产法》第五十八条的规定，该条款明确指出，债务人、债权人对债权表记载的债权有异议的，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼。
破产财产分配纠纷：
- 如果债权人对破产财产的分配方案有异议，认为自己的权益受到侵害，也可以向法院提起诉讼。例如，债权人可能认为分配方案不公平，或者管理人在分配过程中存在违法行为。
涉及破产企业的其他民事纠纷：
- 除了债权申报和破产财产分配外，还可能存在与破产企业相关的其他民事纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等。这些纠纷在破产清算期间同样可以通过诉讼方式解决。
追究相关责任人员的法律责任：
- 如果破产企业的董事、监事、高级管理人员等存在违法违规行为，导致公司破产或损害债权人利益，债权人可以在破产程序终结后，继续追究这些责任人员的法律责任。
二、不可起诉或起诉意义不大的情形
以破产企业为被告的普通民事诉讼（若已通过债权申报程序处理）：
- 在破产清算程序中，破产企业作为被告的普通民事诉讼，如果已经通过债权申报程序处理，并且债权人已经接受了破产财产的分配方案，那么再次起诉的意义可能不大。因为破产清算的目的是为了公平地清偿所有债权人的债务，而不是为了解决个别债权人与破产企业之间的纠纷。
执行程序中的起诉（若已进入破产清算程序）：
- 如果债权人已经取得了生效的法律文书，但在执行过程中发现被执行人（即破产企业）已进入破产清算程序，那么执行程序通常会中止。此时，债权人应转而通过破产清算程序来寻求债权的清偿，而不是继续执行程序中的起诉。
三、起诉的注意事项
诉讼时效：
- 债权人或其他权利人应在法律规定的诉讼时效内提起诉讼，否则可能因超过时效而丧失胜诉权。
证据收集：
- 在提起诉讼前，应充分收集相关证据，以支持自己的诉讼请求。这包括合同、发票、付款记录、沟通记录等。
了解清算进展：
- 在提起诉讼时，应了解公司的清算进展情况，以便更好地评估诉讼风险和可能的结果。例如，如果公司已经接近破产清算的终结阶段，那么起诉可能面临更大的不确定性和风险。
举例说明：
假设某公司因经营不善申请破产清算，债权人A在债权申报过程中，管理人对其申报的债权不予确认。此时，债权人A可以依据《中华人民共和国企业破产法》第五十八条的规定，向受理破产申请的人民法院提起诉讼，要求确认其债权。如果法院最终确认了债权人A的债权，那么该债权将按照破产财产的分配方案进行清偿。
总结与建议：
已经申请破产清算的公司仍然具有法律主体地位，可以被起诉。但具体是否起诉以及起诉的意义大小，需要根据诉讼的性质、目的以及公司的清算进展情况来综合判断。如果你面临类似的情况，或者有任何关于公司法务、破产清算方面的疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。