核心结论：撰写“儿子的营业执照由父亲经营”的证明，关键在于清晰说明实际经营情况、双方关系及授权事项，并确保内容合法合规。以下是具体撰写要点和模板参考：

一、证明内容要点

1. 明确主体信息

   • 写明儿子（营业执照登记经营者）和父亲（实际经营者）的姓名、身份证号、联系方式等基本信息。
   • 注明营业执照的注册号、名称、地址及经营范围（与营业执照信息一致）。

2. 说明经营关系

   • 陈述事实：儿子因具体原因（如工作繁忙、健康问题、委托管理等）无法亲自经营，故由父亲代为管理。
   • 强调合法性：父亲的经营行为已获儿子授权，且未超出营业执照范围。

3. 授权范围与期限

   • 明确父亲的经营权限（如日常管理、财务收支、员工雇佣等），避免模糊表述。
   • 注明授权期限（如“自XXXX年XX月XX日至XXXX年XX月XX日”），或说明为长期授权。

4. 法律责任承担

   • 声明父亲在授权范围内的经营行为由儿子承担法律责任，或双方约定责任分担方式（需符合法律规定）。

5. 签字与公证

   • 父子双方签字并按手印，附上身份证复印件。
   • 建议公证以增强证明力（非强制，但可减少纠纷）。

二、证明模板参考

《经营授权证明》
兹证明：
本人张三（身份证号：XXXXXXXXXXXXXXXXXX），系XX店铺（营业执照注册号：XXXXXXXX）的登记经营者。因个人原因无法亲自经营，现授权父亲李四（身份证号：XXXXXXXXXXXXXXXXXX）代为管理该店铺，具体权限如下：

1. 负责店铺日常运营、员工管理；
   
2. 签署与经营相关的合同（单笔金额不超过XX元）；
   
3. 收取营业款项并存入指定账户（账号：XXXXXXXX）。
   授权期限：自XXXX年XX月XX日起至XXXX年XX月XX日止。
   父亲在授权范围内的经营行为，本人均予以认可并承担法律责任。
   

特此证明。

证明人（儿子）：__________
实际经营者（父亲）：__________
日期：XXXX年XX月XX日

三、注意事项

1. 合法性审查

   • 确保父亲的经营行为不违反《市场主体登记管理条例》等法规（如未经许可不得擅自变更经营者）。
   • 若涉及行业特殊许可（如食品经营、教育培训等），需确认父亲是否具备相应资质。

2. 税务与财务合规

   • 父亲经营期间需以儿子名义申报纳税，避免税务风险。
   • 建议单独设立账户用于经营收支，保留完整财务记录。

3. 纠纷预防

   • 可补充条款：如父亲超出授权范围经营，由其自行承担责任。
   • 定期核对经营账目，避免因财务问题引发家庭矛盾。

如有进一步疑问（如证明用途、具体条款设计），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况细化建议。