结论前置：年假未休完公司直接清零的做法在一般情况下是不合法的，但具体是否合法需根据年假性质、公司规章制度及相关法律法规综合判断。

一、法定年假未休完的情况

1. 一般情况下的不合法性

   • 法律依据：根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位应统筹安排职工年休假，一般不跨年度安排。确有必要跨年度安排的，需经员工本人同意，可跨1个年度安排。若单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，但对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300％支付年休假工资报酬。
   • 分析：若员工当年法定年假未休完，公司应尽量在当年安排休假或与员工协商跨年度安排。未经员工同意直接清零，违反了上述法律规定，公司需支付未休年假的工资报酬。

2. 员工主动放弃休假的合法性

   • 法律依据：根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，用人单位安排职工休年休假，但是职工因本人原因且书面提出不休年休假的，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。
   • 分析：在此情况下，员工主动放弃了休假权利，公司清零其未休年假是合法的，但需确保员工已书面提出不休年休假。

二、福利年假未休完的情况

1. 公司规章制度的影响

   • 分析：福利年假是公司额外给予员工的福利，其具体性质、待遇及使用规则通常会在劳动合同或公司规章制度中明确。若公司规章制度明确规定了福利年假的使用期限和清零规则，且不违反法律法规强制性规定，则公司在执行这些规定时可能具有合法性。但若规章制度与法律法规相冲突，则规章制度无效，公司不能依据其清零员工未休福利年假。

2. 员工权益的保障

   • 分析：即使对于福利年假，公司也应确保员工的知情权和合法权益。若公司未经员工同意就清零未休福利年假，且规章制度中未明确规定或规定与法律法规相冲突，则公司的做法可能侵犯了员工的权益。

三、离职时未休年假的处理

1. 法律依据

   • 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位与职工解除或者终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假天数的，应当按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数并支付未休年休假工资报酬。

2. 分析

   • 员工离职时，公司不得直接清零其未休年假，而应按规定折算并支付相应工资。若公司未支付，员工可以通过劳动监察投诉或劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

四、其他注意事项

1. 时效问题

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。若员工未休年假已超过两年且一直未主张权利，公司以超过时效为由清零可能在司法实践中得到支持。但员工若能证明曾向公司主张过权利，时效可能中断重新计算。

2. 沟通协商

   • 在处理年假问题时，公司应与员工进行充分沟通协商，尽量达成一致意见。若无法协商一致，公司应依法支付未休年假的工资报酬或按照公司规章制度处理福利年假。

建议与措施：作为员工，应了解自己的年假权益，并在认为权益被侵害时及时与公司沟通、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自身合法权益。作为公司，应遵守相关法律法规和公司规章制度，合理安排员工年休假，避免不必要的法律纠纷。若你对年假问题还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。