结论：根据相关法律法规，劳动者离职时，用人单位通常应当一次性结清工资。但在特定情况下，双方可基于平等、自愿原则协商确定支付时间和方式。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定需一次性结清的情形
《工资支付暂行规定》第九条明确规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一规定旨在确保劳动者及时获得劳动报酬，避免生活上的困难和经济上的损失。
地方性法规也进一步细化和明确了这一要求。例如，《广东省工资支付条例》等地方性法规，均强调在终止或解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。
二、特殊情况处理
尽管法律倾向于一次性结清工资，但实际操作中可能存在特殊情况导致无法立即全部结清，例如：
工资核算存在争议：如对加班时间、绩效奖金计算方式等有分歧，可能无法当场完成准确核算。
财务流程等客观原因：用人单位因财务流程等客观原因，无法立即支付工资。
在这些情况下，用人单位应与劳动者进行协商，确定一个合理的支付期限，并明确告知劳动者延迟支付的原因和预计支付时间。这种协商必须基于平等、自愿的原则，且不能违反法律法规的强制性规定。
三、劳动者权益保障
如果用人单位未按规定一次性结清工资，劳动者有多种合法途径维护自身权益：
与用人单位协商：首先尝试通过沟通解决问题，要求用人单位支付拖欠的工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并督促用人单位支付工资。
申请劳动仲裁：如问题仍未解决，劳动者可申请劳动仲裁，要求用人单位支付工资及相应的经济补偿。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据来支持自己的主张。
四、企业声誉与运营影响
用人单位不一次性结清工资，不仅可能引发劳动者与用人单位之间的纠纷，还可能对企业的声誉和正常运营造成负面影响。因此，建议用人单位严格遵守相关法律法规，确保在劳动者离职时及时、足额支付工资。
五、实际操作建议
劳动者：在离职时，应与用人单位明确工资结算的方式和时间，并保留好相关证据，如劳动合同、工资条等，以备不时之需。
用人单位：应建立健全的工资支付制度，确保在劳动者离职时能够及时、足额支付工资。如遇特殊情况无法立即支付，应及时与劳动者沟通并协商确定合理的支付期限。
总结：离职时工资是否应一次性结清，主要遵循相关法律法规的规定。在特殊情况下，双方可协商确定支付时间和方式，但必须确保劳动者的合法权益不受侵害。如果您在离职过程中遇到工资支付问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。