结论：工资超过5000元通过微信发放，本身并不直接违法，但关键在于是否依法履行了纳税义务以及是否符合工资支付的相关规定。

分析说明：

1. 工资支付形式：

   • 工资支付的形式并不受法律严格限制，可以是现金、银行转账，也可以是其他合法方式，如微信转账等。关键在于支付过程要合法、透明，且能够确保工资的准确、及时支付。

2. 纳税义务：

   • 无论工资以何种形式支付，员工都有义务依法缴纳个人所得税。如果工资超过了个税起征点（目前为每月5000元，但需注意，这里的5000元是起征点，实际应税所得额还需扣除各项社保、专项附加扣除等），则必须依法申报并缴纳税款。
   • 雇主作为工资支付方，也有责任代扣代缴员工的个人所得税。如果雇主未履行这一义务，可能会面临税务部门的处罚。

3. 工资支付规定：

   • 根据相关法律法规，雇主应当按时足额支付员工工资，且工资支付记录应当至少保存两年备查。
   • 如果通过微信发放工资，雇主应当确保有完整的支付记录，包括支付时间、金额、支付对象等信息，以便在需要时提供证明。

法律建议：

1. 确保合法纳税：

   • 无论是雇主还是员工，都应当了解并遵守个人所得税的相关规定，确保工资的合法纳税。

2. 保留支付记录：

   • 如果通过微信发放工资，建议雇主和员工都保留好相关的支付记录，以备不时之需。这些记录可以作为工资支付的证明，有助于解决可能的纠纷。

3. 考虑支付便利性：

   • 虽然微信支付方便快捷，但考虑到工资支付的正式性和安全性，建议雇主在可能的情况下，还是选择银行转账等更为正式的方式支付工资。

可能后果：

• 如果雇主未依法代扣代缴个人所得税，可能会面临税务部门的罚款、滞纳金等处罚。
• 如果因工资支付问题引发纠纷，且雇主无法提供完整的支付记录，可能会承担不利的法律后果。

特殊场景：

• 如果员工对工资支付方式有特别要求（如希望以现金形式支付），且雇主同意，那么双方可以协商确定。但无论如何，都必须确保工资的合法纳税和支付记录的完整性。

行动指南：

• 作为雇主，应当了解并遵守工资支付和个人所得税的相关规定，确保工资的合法、及时支付。
• 作为员工，也应当了解自己的纳税义务，并保留好相关的支付记录。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。