结论：租机费用从5000元涨至9000元是否合法，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果租赁合同中明确约定了租金调整的条件和方式，且双方均同意按照合同执行，那么租金从5000元涨至9000元可能是合法的。例如，合同中可能规定了租金随市场变化或特定条件（如租赁期满后续租）而调整。
- 如果合同中没有明确约定租金调整的条件和方式，或者约定不明确，那么出租方单方面提高租金可能构成违约行为，租户有权拒绝支付增加的租金，并可以依据合同或相关法律法规维护自己的权益。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定，租赁双方应当遵循公平、自愿、诚实信用的原则订立和履行合同。如果出租方提高租金的行为违反了这些原则，或者违反了法律法规的强制性规定（如租金涨幅超过当地政府规定的上限），那么该行为可能是不合法的。
- 此外，如果租赁合同属于格式合同（即一方预先拟定，另一方只能表示全部同意或者不同意的合同），且租金调整条款存在显失公平的情况，租户也有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。
实际操作建议：
- 对于租户而言，如果面临租金上涨的情况，首先应当仔细审查租赁合同中的相关条款，了解租金调整的条件和方式。
- 如果认为出租方的租金上涨行为不合理或违法，可以与出租方进行协商，寻求合理的解决方案。
- 如果协商无果，租户可以向当地房地产管理部门或消费者协会等机构投诉，或者依据合同中的争议解决条款向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
示例说明：
假设租赁合同中明确约定了“租赁期满后，租金可根据市场情况调整，但涨幅不得超过10%”。如果原租金为5000元，按照合同约定，租金上涨后的最高限额应为5500元（5000元 * 110%）。如果出租方要求涨至9000元，则明显超过了合同约定的涨幅上限，此时租户有权拒绝支付增加的租金。
法律后果：
如果出租方单方面提高租金且违反了合同约定或法律法规的规定，租户有权要求出租方继续履行原合同、支付违约金或赔偿损失等。同时，出租方也可能面临行政处罚或民事诉讼等法律后果。
综上所述，租机费用从5000元涨至9000元是否合法，需要根据租赁合同的具体约定以及相关法律法规的规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。