结论：上班迟到30分钟扣100元是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，且该条款的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），内容合理（如扣款金额与迟到时间、对公司造成的损失等相匹配），且已向劳动者公示或告知，那么公司依据规章制度对迟到员工进行扣款是合法的。但需注意，扣款金额一般不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 违法情形：如果公司的规章制度中未规定迟到扣款，或者规定的内容违法（如扣款金额过高，超出合理范围），或者制定程序不合法（如未经民主程序制定，未向劳动者公示或告知），那么公司依据该规章制度对迟到员工进行扣款就是违法的。

2. 劳动合同角度：

   • 合法情形：如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么公司依据劳动合同对迟到员工进行扣款是合法的。
   • 违法情形：如果劳动合同中未约定迟到扣款，或者约定的内容违法（如扣款金额过高，超出合理范围），那么公司依据劳动合同对迟到员工进行扣款就是违法的。

3. 法律法规角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”迟到虽然可能给公司带来一定的损失，但公司不能随意设定扣款金额，必须遵循上述规定。

建议：

• 对于员工而言，如果认为公司的扣款行为违法，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保内容合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者；在执行扣款时，应严格遵守法律法规的规定，避免违法扣款。

示例： 假设某员工的月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果公司规章制度或劳动合同中规定迟到30分钟扣100元，且该规定合法有效，那么公司可以依据规定对员工进行扣款。但如果规定迟到30分钟扣500元，则超出了劳动者当月工资的20%（即1000元中的合理部分，但实际扣款仍不应超过当月工资的20%且扣除后剩余工资不低于最低工资标准），且可能使得扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，因此该规定违法，公司不能依据该规定对员工进行扣款。