在工资由两个公司发放的情况下，劳动关系的认定需综合考虑多个因素，以下是对此问题的详细分析：
劳动合同的签订情况
- 如果您与其中一家公司签订了劳动合同，那么该合同是确立劳动关系的重要法律依据。即便工资由另一家公司发放，也通常认定您与签订劳动合同的单位存在劳动关系。
- 若未签订劳动合同，则需结合其他因素，如用工管理、工作安排等，来综合判断劳动关系。
用工管理和工作安排
- 您接受哪一公司的管理和监督，包括工作任务分配、工作时间安排、绩效考核等，是判断劳动关系的关键。
- 如果您的工作内容属于某一公司业务的组成部分，且受该公司管理，那么更倾向于认定您与该公司存在劳动关系。
劳动报酬的性质和支付
- 劳动报酬的性质和构成，如是否与工作业绩、工作时间挂钩，以及是否包含基本工资、奖金、津贴等常规组成部分，有助于判断劳动关系。
- 工资支付的稳定性和规律性也是重要指标。如果一家公司按固定周期支付您工资，且该工资与您的工作表现直接相关，那么这通常表明您与该公司存在劳动关系。
其他相关证据
- 社保缴纳情况是判断劳动关系的重要参考。一般情况下，为劳动者缴纳社保的单位与劳动者存在劳动关系。
- 工作证件、考勤记录、招聘登记表、其他劳动者的证言等也是判断劳动关系的关键证据。例如，如果您持有某一公司的工作证，且考勤记录显示您在该公司的出勤情况，那么这有助于证明您与该公司的劳动关系。
特殊情况处理：
- 在实践中，可能存在您同时与两家公司存在事实上的劳动关系，但法律上通常只能认定您与其中一家公司存在正式的劳动关系，另一家可能作为劳务关系处理。
- 对于关联企业之间的混同用工行为，法院可能会根据实际情况认定两家公司承担连带责任。这意味着，如果两家公司都对您进行了用工管理，且都支付了您部分工资，那么在发生劳动争议时，两家公司可能需要共同承担责任。
综合判断与建议：
- 在确定劳动关系时，应全面收集和分析上述各类证据，特别是劳动合同、用工事实、工资支付凭证等核心证据。
- 如果您与多家公司存在关联，需特别关注实际用工情况和您与哪家公司存在最密切的工作联系。例如，您可以考虑哪家公司对您的日常工作管理更多，哪家公司支付了您大部分工资等。
- 如果您在劳动关系认定上遇到困难或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。
法律依据：
- 根据《关于确定劳动关系有关事项的通知》，劳动关系成立需同时具备以下条件：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在劳动关系认定上还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。