迟到扣工资是否违法，不能一概而论，而是需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 规章制度合法且合理的情况

   • 如果用人单位在员工手册或劳动合同中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，同时扣款金额合理，不会对劳动者的基本生活造成严重影响，那么这种扣款行为是合法的。例如，规章制度可以规定迟到一次扣除当月绩效奖金的一定比例，但扣除的总额不应过高。

2. 规章制度不合法或不合理的情况

   • 未经法定程序制定：如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力。用人单位依据此类规章制度进行扣款，可能构成违法行为。
   • 扣款金额过高：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求其赔偿，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果用人单位因迟到扣除了较大比例的工资，显然是不合理的，也属于违法行为。
   • 恶意克扣工资：如果用人单位以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。

3. 实际案例与法律后果

   • 在实际案例中，曾有用人单位因迟到扣款过高被劳动者投诉至劳动监察部门，最终被要求补发工资并支付赔偿金。这表明，用人单位在制定和执行规章制度时，必须严格遵守法律法规，确保规章制度的合法性和合理性。

4. 劳动者的权益保护

   • 当劳动者遇到用人单位不合理扣工资的情况时，可以采取以下措施来维护自身合法权益：
     • 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的合理诉求。
     • 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
     • 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结与建议： 迟到扣工资是否违法，取决于用人单位的规章制度是否合法、合规，以及扣减工资的行为是否合理。因此，建议劳动者在入职前务必仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分。在遇到扣工资问题时，也应及时采取措施维护自己的合法权益。同时，用人单位也应确保自己的规章制度符合法律法规的要求，避免因此引发不必要的劳动纠纷。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。