关于三方协议中的违约金数额，这并不是一个固定不变的标准，而是需要由毕业生、用人单位以及学校三方根据具体情况进行协商确定的。在确定违约金数额时，我们必须遵循《中华人民共和国民法典》的相关规定，确保违约金的设定既公平又合法。

首先，从法律框架来看，根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人有权约定一方违约时应当支付的违约金数额，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，违约金的数额并不是随意设定的，而是需要基于违约行为可能造成的实际损失来进行合理估算。如果约定的违约金低于实际损失，守约方有权请求增加；如果约定的违约金过分高于实际损失，违约方则有权请求适当减少。

在实际操作中，三方协议中的违约金数额通常介于几千元至万元之间，比如3000元、5000元或8000元等，其中5000元左右是一个相对常见的数额。但这个数额并不是绝对的，它会受到多种因素的影响，比如职位的重要性、用人单位的投入成本以及违约行为的性质等。对于关键职位或高投入的情况，违约金可能会相对较高，但一般不会过分超出合理范围。

此外，违约金的数额最终应由三方通过充分协商来确定。在协商过程中，我们需要考虑违约行为的性质、可能造成的损失以及双方的谈判地位等因素，以确保违约金的数额既能够弥补守约方的损失，又不会过分高于该损失而引发法律纠纷。

如果在实际操作中发生争议，且约定的违约金数额被认为不合理，当事人可以向法院或仲裁机构起诉请求调整。法院或仲裁机构会根据实际情况、法律规定以及双方当事人的证据和陈述，对违约金数额进行合理评估和调整。

因此，我建议你在签订三方协议时，务必与用人单位和学校充分协商并明确约定违约金的数额或计算方法。同时，也要增强法律意识，仔细阅读关于违约金的条款，对于不合理或过高的违约金应及时与对方协商调整。如果出现违约情况且认为约定的违约金数额不合理，你也有权向法院申请调整以维护自身合法权益。