结论概述：公司清算超过三年，可能涉及清算程序未完成、清算程序已终结但存在遗留问题等多种情况。具体处理方式需根据清算程序的实际状态和相关法律法规进行判断。以下是对此问题的详细分析：

一、清算程序未完成的情况

1. 继续清算：

   • 如果公司清算程序尚未完成，即使已经超过三年，清算组仍应继续履行清算职责，包括清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款、清理债权债务、处理公司清偿债务后的剩余财产等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第一百八十六条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

2. 申请延长清算期限：

   • 如果因特殊情况导致清算程序无法在法定期限内完成，清算组可以向人民法院申请延长清算期限。
   • 操作建议：清算组应准备详细的清算进展报告和延长清算期限的申请书，说明延长清算期限的必要性和合理性，并提交给人民法院审查。

二、清算程序已终结但存在遗留问题的情况

1. 处理遗留债权债务：

   • 如果清算程序已经终结，但公司仍存在未清偿的债权债务，债权人或债务人可以向人民法院提起诉讼，要求处理遗留问题。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记。但清算程序终结后，如果发现公司仍存在未清偿的债权债务，相关权利人仍有权通过法律途径寻求救济。

2. 追究清算组成员责任：

   • 如果清算组成员在清算过程中存在违法行为或未履行清算职责，导致公司财产损失或债权人利益受损，清算组成员可能需要承担相应的法律责任。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第二百零六条，清算组成员利用职权徇私舞弊、谋取非法收入或者侵占公司财产的，由公司登记机关责令退还公司财产，没收违法所得，并可以处以违法所得一倍以上五倍以下的罚款。同时，根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，清算组成员因故意或者重大过失给公司或者债权人造成损失的，应当承担赔偿责任。

三、特殊情况下的处理

1. 公司被吊销营业执照后的清算：

   • 如果公司被吊销营业执照后未依法进行清算，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第一百八十三条，公司因依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。

2. 清算程序中的诉讼时效：

   • 在清算程序中，债权人或债务人提起诉讼的，应遵守诉讼时效的规定。如果超过诉讼时效期间提起诉讼，可能会面临败诉的风险。
   • 操作建议：债权人或债务人应及时行使权利，避免超过诉讼时效期间。如果确实因特殊情况无法及时行使权利，可以考虑在诉讼时效期间内提出书面催告或采取其他合法措施中断诉讼时效。

行动建议：

• 如果您是公司清算组的成员，建议继续履行清算职责，确保清算程序合法、有序进行。如果因特殊情况无法按时完成清算，应及时向人民法院申请延长清算期限。
• 如果您是公司的债权人或债务人，且发现公司清算程序存在遗留问题或清算组成员存在违法行为，建议及时收集证据并向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。

在处理公司清算超过三年的问题时，应综合考虑清算程序的实际状态、相关法律法规的规定以及具体案情，采取合适的法律措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。