股东死亡后三年办理变更登记，一般不涉及罚款，但需满足一定条件并履行相应程序。具体分析如下：

1. 股东死亡后的股权继承与变更登记
   根据《公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。因此，股东死亡后，其股权首先由合法继承人继承，继承人需通过办理股权变更登记成为公司股东。

   • 变更登记的义务主体：公司是办理股权变更登记的义务主体，而非继承人或原股东。公司应在股东死亡后，配合继承人完成变更登记手续。
     
   • 变更登记的期限：法律未明确规定股东死亡后变更登记的具体期限，但公司应尽快办理，以避免影响公司正常运营或继承人权益。

2. 三年后办理变更登记是否罚款

   • 公司未履行变更登记义务的后果：若公司未在合理期限内办理变更登记，可能面临行政处罚。根据《公司登记管理条例》第六十八条，公司登记事项发生变更时，未依照本条例规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以1万元以上10万元以下的罚款。
     
     • 关键点：罚款对象是公司，而非继承人或原股东；罚款条件是公司“未依照规定办理变更登记”且“逾期不登记”，而非单纯因时间长短。
       
   • 继承人未主动申请变更登记的后果：若继承人未及时向公司提出变更登记申请，公司可能因不知情而未办理。此时，继承人应先与公司沟通，要求配合办理变更登记。若公司拒绝，继承人可通过法律途径解决（如诉讼），但一般不会因此被罚款。

3. 实务建议

   • 继承人：
     
     • 及时向公司提交股权继承相关文件（如死亡证明、继承公证书等），要求公司办理变更登记。
       
     • 若公司拖延，可向公司登记机关投诉或提起诉讼，要求公司履行义务。
       
   • 公司：
     
     • 在收到继承人申请后，尽快核实材料并办理变更登记，避免行政处罚。
       
     • 若公司章程对股权继承有特殊规定（如限制继承人范围），需提前告知继承人并依法处理。

总结：股东死亡后三年办理变更登记本身不直接导致罚款，但若公司未依法履行变更登记义务且逾期不改正，可能面临行政处罚。建议继承人和公司积极沟通，依法及时完成变更登记手续。如有进一步疑问，可直接向我咨询。