公司与公司之间的借款，在遵守相关法律法规、确保借款合同依法订立、借款用途合法且不存在无效情形的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性基础与条件
合法性基础：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的的规定》第一条，民间借贷包括法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同。因此，公司之间的借款属于民间借贷的范畴，受到法律的保护。
合法条件：
- 借款合同依法订立：借款合同必须体现双方真实意思，且无违反法律、行政法规强制性规定的情形。合同应明确约定借款金额、用途、利息、还款期限等关键条款，以保障双方权益。
- 借款用途合法：借款应专用于公司的生产、经营活动，不得用于非法或违规目的。例如，借款不能用于赌博、走私等非法活动。
- 不存在无效情形：借款合同需避免《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条所列举的无效情形，如套取金融机构贷款转贷、以向其他营利法人借贷或向本单位职工集资等方式取得的资金转贷等。
税务处理与注意事项
税务处理：
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十六条，企业与其关联企业之间的业务往来应遵循独立交易原则。若借贷双方存在关联关系，税务机关有权核定其利息收入并缴纳相应的营业税和企业所得税。因此，在借款合同中应明确利息支付方式，并确保符合税务规定。
注意事项：
- 利率约定：虽然法律法规未对公司间借贷利率作出明确限制，但应参照民间借贷的相关规定，避免过高利率可能引发的法律风险。过高的利率可能被认定为高利贷，从而受到法律制裁。
- 内部决策程序：公司对外借款需遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定，通常需由董事会或股东会、股东大会进行决议，以确保决策的合法性和合规性。未经内部决策程序擅自借款，可能损害公司股东和债权人的利益，引发法律纠纷。
不合法或存在风险的情况
- 违反法律法规强制性规定：如将借款用于非法活动，借款合同将被认定无效。此外，若借款行为违反金融法规，如未经金融监管部门批准擅自从事贷款业务，也可能涉嫌非法经营等违法犯罪活动。
- 损害股东或债权人利益：公司管理层未经股东会同意，擅自将公司资金借给关联企业，可能损害公司股东和债权人的利益。这种行为不仅可能引发法律纠纷，还可能对公司声誉和经营造成负面影响。
实际操作建议
- 完善借款合同：确保借款合同内容完整、条款清晰，明确双方的权利和义务。合同应包括借款金额、用途、利息、还款期限、违约责任等关键条款。
- 遵循内部决策程序：在借款前，应按照公司章程和法律法规的规定，履行必要的内部决策程序，如董事会或股东会决议等。
- 关注税务合规：在借款过程中，应关注税务合规问题，确保利息支付和税务申报符合相关规定。
- 定期审计与监督：公司应定期对借款情况进行审计和监督，确保借款用途合法、资金安全，并及时发现和纠正可能存在的问题。
总结来说，公司与公司之间的借款在符合相关法律法规、借款合同有效且利率合理、税务处理合规以及内部决策程序合法的前提下是合法的。借贷双方应谨慎操作，确保所有环节的合规性，以避免潜在的法律风险。如果您在公司借款方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。