在处理员工医疗期满后被公司辞退的补偿问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合法辞退与违法辞退两种不同情形，其补偿或赔偿标准也截然不同。以下是对这一问题的详细解答：

一、合法辞退的经济补偿标准

当员工医疗期满后，若不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在履行提前通知或支付代通知金的义务后，可以解除劳动合同。在此情形下，用人单位需按照以下标准支付经济补偿：

1. 经济补偿的计算方式：

   • 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
   • 月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等。若月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。

2. 医疗补助费：

   • 根据原劳动部相关规定，对于患病或非因工负伤的员工，在解除劳动合同的同时，用人单位还应支付不低于六个月工资的医疗补助费。
   • 患重病和绝症的，医疗补助费还需相应增加。具体来说，患重病增加50%，患绝症增加100%。

举例说明：假设员工在公司工作了5年半，月平均工资为8000元，且当地上年度职工月平均工资为6000元（未超过三倍），则经济补偿金为5×8000 + 0.5×8000 = 44000元。同时，员工至少还可获得6个月工资的医疗补助费，即48000元；若患重病，则为72000元；若患绝症，则为96000元。

二、违法辞退的赔偿金标准

若公司未遵循法定程序即直接辞退员工，则构成违法解除劳动合同。在此情形下，用人单位需按经济补偿标准的两倍向劳动者支付赔偿金。

1. 赔偿金的计算方式：
   • 赔偿金为经济补偿标准的两倍，即按照劳动者在本单位工作年限，每满一年支付两个月工资的标准向劳动者支付赔偿金。
   • 同样，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金的两倍。

举例说明：假设员工工作3年，月均工资6000元，若被违法辞退，则赔偿金为3×6000×2 = 36000元。

三、无需支付补偿的情形

当然，也存在一些无需支付补偿的特殊情形，如：

• 试用期不符合录用条件（需有明确证据）。
• 严重违反规章制度（如旷工、盗窃等）。
• 严重失职或营私舞弊造成重大损失。
• 被依法追究刑事责任（如刑事判决生效）。

四、注意事项

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

1. 程序合法性：辞退员工需提前30日书面通知或支付代通知金，并确保通知工会。
2. 个税处理：经济补偿金在当地职工平均工资3倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。
3. 争议解决：若对补偿金额有异议，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁或提起诉讼。

综上所述，处理员工医疗期满后被公司辞退的补偿问题，需严格区分合法与违法解除劳动合同的情形，并依据相关法律法规准确计算经济补偿或赔偿金。同时，也建议用人单位在处理此类问题时咨询专业律师，以确保权益得到充分保护。