有病假条的情况下，工资是否会被扣除需分情况讨论，具体如下：
一般情况下，病假期间应支付病假工资
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，若处于规定的医疗期内，企业应按相关规定支付其病假工资或疾病救济费。这部分费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则员工病假期间工资最低不得少于1600元。
病假工资的具体支付标准
- 支付基数：劳动合同有约定的，按劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定；集体合同（工资集体协议）确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同标准确定；劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，或按劳动者本人所在岗位正常出勤月工资的70%确定。
- 支付系数：根据连续工龄确定支付比例。连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发；连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发；连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发；连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
- 计算公式：月病假工资=病假工资的计算基数×相应的病假工资的计算系数。日病假工资则通过月病假工资除以当月计薪日得出。
特殊情况下的工资支付
- 病假条的真实性与合法性：若劳动者提供的病假条存在虚假成分或不符合用人单位的要求（如非指定医院开具），用人单位有权拒绝支付病假工资或按旷工处理。
- 单位规章制度与劳动合同：虽然法律规定了病假工资的基本标准，但具体执行还需参考单位规章制度和劳动合同中的相关条款。若单位有明确规定病假期间工资支付方式，且不违反法律法规，则应按此规定执行。
单位违规扣工资的处理办法
- 协商：首先尝试与单位沟通，明确指出其行为不符合法律规定，要求单位按规定支付病假工资。
- 投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令单位限期支付克扣的工资。
- 仲裁：员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付克扣的工资及相应的经济补偿。
举例说明：
假设某员工月工资为5000元，连续工龄为5年，当地月最低工资标准为2000元。该员工因病请假一个月，并提供了合法的病假条。
- 根据支付系数，该员工应享受本人工资的80%作为病假工资，即5000元×80%=4000元。
- 由于4000元高于当地最低工资标准的80%（即1600元），因此该员工病假期间应领取4000元工资。
总结与建议：
有病假条的情况下，工资是否会被扣除取决于多种因素，包括病假工资的计算基数、支付系数、单位规章制度以及劳动合同中的相关条款等。员工在请病假前应充分了解相关规定和用人单位的规章制度，确保病假条的真实性和合法性，并严格按照单位规定的流程进行请假。若遇单位违规扣工资情况，应及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。