迟到扣钱是否可以申请劳动仲裁，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且迟到扣钱合理：
- 法律背景：根据《劳动合同法》及相关规定，公司有权制定规章制度，包括考勤和奖惩制度。若这些制度经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容合法合理，那么公司依据这些制度对迟到员工进行扣钱，是合法的。
- 具体分析：在此情况下，迟到扣钱属于公司内部管理行为，若扣钱金额合理（如不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准），则员工难以通过劳动仲裁主张权益。因为劳动仲裁主要解决的是因履行劳动合同而产生的争议，而合理的迟到扣钱并不构成对劳动合同的违反。
若公司规章制度不合法或迟到扣钱不合理：
- 法律背景：同样根据《劳动合同法》，公司规章制度若未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，或内容违法（如规定迟到一次扣全部工资），则这些制度对劳动者不产生约束力。此外，即使制度合法，但扣钱金额不合理（如超过法定限额或导致员工工资低于最低工资标准），也构成违法行为。
- 具体分析：在此情况下，员工有权通过劳动仲裁主张权益。劳动仲裁委员会将审查公司规章制度的合法性和合理性，以及扣钱行为是否违反了相关法律法规。若认定公司行为违法，将裁决公司返还违法扣除的工资，并可能对公司进行处罚。
法律建议：
- 对于员工：若认为公司迟到扣钱行为违法或不合理，首先应与公司沟通协商，要求公司说明扣钱依据和合理性。若协商无果，可收集相关证据（如公司规章制度、考勤记录、工资条等），向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 对于公司：应确保规章制度合法合理，并经过民主程序制定、公示或告知劳动者。在制定奖惩制度时，应充分考虑员工的实际情况和合理诉求，避免过度惩罚导致员工权益受损。
可能法律后果：
- 若员工申请劳动仲裁并胜诉，公司将面临返还违法扣除工资、支付经济补偿金等法律后果。
- 若公司规章制度违法或不合理，还可能面临劳动行政部门的处罚和声誉损失。
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