公诉案件与自诉案件在多个方面存在显著差异，这些差异主要体现在案件来源与起诉主体、犯罪性质与危害程度、审查程序与审理方式、当事人的诉讼权利和义务、刑罚处罚以及举证责任等方面。以下是对这些差异的详细阐述：

一、案件来源与起诉主体

1. 公诉案件：由国家公诉机关即人民检察院提起诉讼。这类案件通常基于公安机关或其他侦查机关的侦查结果，如公安机关侦破盗窃案后移交给检察院，由检察院审查并决定是否提起公诉。
2. 自诉案件：由被害人或其法定代理人、近亲属直接向人民法院提起诉讼。这类案件通常是被害人自行发现犯罪事实和犯罪嫌疑人，并收集相关证据后起诉，如甲因乙的诽谤行为而直接向法院提起自诉。

二、犯罪性质与危害程度

1. 公诉案件：涉及严重危害社会秩序、公共安全或公民重大权益的犯罪行为，如故意杀人、抢劫等。这些犯罪行为对社会造成较大危害，需要国家公诉机关介入以维护社会秩序和公共安全。
2. 自诉案件：主要涉及轻微刑事案件，如侮辱、诽谤、虐待等。这些犯罪通常只涉及个人之间的矛盾，对社会的危害程度较小，因此允许被害人自行提起诉讼。

三、审查程序与审理方式

1. 公诉案件：需经过侦查机关侦查、人民检察院审查起诉，再进入法院审判阶段。检察院对案件进行全面审查，确保证据确实、充分。审理过程严格遵循刑事诉讼法规定，确保案件的公正处理。
2. 自诉案件：法院在受理前进行审查，确定是否符合立案条件。审理过程中可进行调解，原告人可撤诉，被告不到庭时法院可缺席判决。对于告诉才处理的案件，当事人撤诉或和解后，法院通常终止审理。这种审理方式更加灵活，适应了自诉案件的特点。

四、当事人的诉讼权利和义务

1. 公诉案件：被害人主要协助公诉机关行使控诉职能，诉讼权利相对受限。犯罪嫌疑人、被告人则享有广泛的诉讼权利，如辩护权、申请回避权等。同时，被害人有义务如实陈述案件事实，配合侦查和起诉工作；犯罪嫌疑人、被告人有义务接受侦查和审判，如实供述罪行。
2. 自诉案件：自诉人享有更大的诉讼自主权，可决定起诉、撤诉、和解等。被告人同样享有辩护权等基本诉讼权利，并可对自诉人提起反诉。自诉人有义务提供证据证明被告人的犯罪事实；被告人有义务对指控进行答辩。这种设置体现了对自诉人诉讼权利的尊重和保护。

五、刑罚处罚

1. 公诉案件：由于犯罪性质严重，刑罚处罚通常较重，可能涉及有期徒刑、无期徒刑甚至死刑等。这是为了维护社会秩序和公共安全，对严重犯罪行为进行严厉惩处。
2. 自诉案件：刑罚处罚相对较轻，多为拘役、管制、罚金等，也可能宣告缓刑。这是考虑到自诉案件犯罪情节轻微、社会危害性小，因此刑罚也相应较轻。

六、举证责任

1. 公诉案件：由公诉机关承担举证责任，需提供充分的证据证明被告人有罪。侦查机关负责收集证据，检察院进行审查和补充。这是为了确保公诉案件的证据确实、充分，维护社会公正。
2. 自诉案件：由自诉人承担举证责任，需自行收集证据来证明被告人的犯罪行为。如无法提供证据，可能承担败诉的后果。这要求自诉人在提起诉讼前必须充分准备证据，以确保诉讼的成功。

总结与建议：

公诉案件与自诉案件在多个方面存在显著差异，这些差异体现了法律对不同性质和危害程度的犯罪行为所采取的不同处理方式和原则。在实际应用中，应根据具体案件的性质和特点选择合适的诉讼程序和处理方式。如果您面临具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。